本文在Coherens模型的基础上，建立了基于σ坐标的河口水域水动力和水质三维有限差分计算模式。应用三维水动力模型对长江河口南支太仓段潮流场进行模拟计算，获得了该段水域潮流的三维分布，同时将流速和潮位的计算值与实测值进行对比，验证表明两者吻合良好，为该段水域污染物浓度场的数值模拟研究提供正确的水动力条件。通过恒定状态下非保守物质在理想水槽中连续排放形成浓度场的解析解，与水质模型计算得出的数值解作对比分析，来检验水质模型的计算精度，结果表明该模型在水平和垂直方向精度较高。在此基础上，应用三维水质模型对长江河口南支太仓段的水质进行数值模拟，求得长江河口太仓段COD浓度场的分布情况，分析了污染物在水体中的迁移规律，取得了较为满意的结果。研究工作为开展长江河口水环境的改善和治理提供了一种技术支持手段。