染色质免疫共沉淀-测序技术(Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing,ChIP-Seq)是目前主流的研究基因表达调控机制的技术,主要用于研究DNA与蛋白质之间的相互作用。随着生物信息学技术的不断发展,一些整合Ch IP-Seq分析的软件工具,如Cistrome、CisGenome、seqMINER和Nebula等,也得到越来越广泛的应用。但是,这些已有的分析工具在用户交互方面、输入文件和结果输出等方面,依旧存在着一些有待改进的地方。本文的主要工作是通过研究Ch IP-Seq分析的通用流程,开发出一个更完善、更人性化、功能更多的ChIP-Seq分析工具,CSATK(Ch IP-Seq Analysis Toolki t)。CSATK采用Java高级编程语言编写,因此也继承了Java跨平台、多线程等优点,它通过调用ChIP-Seq分析中的基础软件,既可以完成常规的ChIP-Seq数据分析流程(从质量控制到Motif分析),又通过提供底层软件的接口方便用户调用,简化用户在数据分析中遇到的环境搭建、软件安装等问题。除此之外,它还提供单独调用的工具方便用户进行数据分析(如FastQC质量控制结果的解析、GO分析、Pathway分析等)。CSATK不仅实现了已有的Ch IP-Seq分析软件的大部分功能,还加入了独具特色的功能,如以HTML形式提供分析报告。文中使用CSATK完成11组ChIP-Seq数据的分析,完整流程耗时11.5小时,比起人工操作来节省不少时间。本文最后将CSATK与已有的ChIP-Seq流程分析工具如Nebula、CisGenome、Cistrome和seqMINER做一个初步对比,可以看出CSATK在数据过滤、结果汇总、并行运算等方面优于其他软件。