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1990年，规模庞大的人类基因组计划在世界范围内展开。该计划的目标是在1990至2005年的15年间绘制人基因组的遗传图谱，构建物理图谱和测定3×10~9碱基对的全序列。迄今前两项任务已基本完成。图谱资料的大量积累使得新基因定位的速度和精确度大大提高，基因克隆可以不再依赖于蛋白功能(即功能克隆策略，Functional Cloning Approach)而在其染色体定位的基础上进行(即定位克隆策略，positional Cloning Approach)。 脆性X综合征(Fragile X Syndrome，Fm(X))是导致遗传性智力低下最常见的病因。该病与位于X染色体Xq27.3处的脆性位点有关。1991年，在该位点克隆鉴定了Fra(X)的致病基因——FMR1。FMR1基因存在迟复制现象，且与其共同迟复制的区域至少包含该基因5’上游150kb和下游34kb的范围。据报道，某些FMR1基因上游有缺失的病例出现非典型脆性X综合征症状。此外，在FMR1基因上游存在多个稀有切点(rare cutter)的限制酶识别位点，这些识别位点多出现于CpG岛中。CpG岛存在于所有已发现的管家基因(housekeeping gene)和许多组织特异性基因的5’端。FMR1基因位点的酶谱特征也支持在该基因的上游几百kb范围内可能还有未知基因。其失活也与脆性X综合征有关。 我们选择了覆盖FMR1基因共同迟复制区的酵母人工染色体YAC209G4作为从这段染色体区域克隆新基因的材料，通过外显子捕获及cDNA文库筛选的方法分离新的编码序列。 我们采用了以pSPL3为剪接载体的外显子捕获系统分离Xq27.3的FRAXA位点的新外显子。YAC209G4菌株中的YAC DNA片段经Sau3AI部分酶解及片段选择(回收2-10kb)亚克隆到pSPL3载体的BamHI位点，得到约8.000个转化子。从中提取混合质粒转染COS-7细胞。48小时后提取细胞总RNA，以载体特异引物引导cDNA第一条链的合成，再经巢式PCR(nested PCR)扩增出剪接产物，克隆到pAMP10载体上。通过菌落PCR筛选阳性克隆并进行序列分析，最终分离出2个潜在的新外显子