海关估价是一项内容复杂、专业技术性强的海关工作，而特许权使用费的认定和计征又是海关估价工作中最困难并容易产生争议的部分，涉及到多样的货物形式和复杂的交易方式。特许权使用费包括用于支付专利权、专有技术使用权、商标权、著作权、分销权、销售权或者其他类似权利等费用，其中，商标权特许使用费也是海关估价工作中的一个难点。因为商标可以与商品相分离的特性，商标权相对于专利权、专有技术使用权有所不同，所以笔者将对商标权特许使用费的海关估价问题展开讨论。首先在理论论述中，笔者从经济学角度对商标权特许权使用费和现行特许权使用费海关估价方面的法律法规均进行了详细解读，并通过价值物化的思路，指出在进口过程中，当商标的价值已经物化在进口货物当中时，商标权特许使用费符合海关规定的特许权使用费的两项计税条件：与被估进口货物有关、构成出口销售到进口国的条件，因而应计入进口货物的海关价格。其次在案例分析部分，笔者以商标权的不同归属为分类标准，分别就商标权归卖方或买方所有、商标权归第三方所有这两类案例情况进行了分析，并引入关联关系为考查因素，将第三方分为非独立第三方和独立第三方进行了分别讨论。在案例分析过程中，笔者将理论论述部分的价值物化思路积极地与现行法律法规相结合，来求证这种思路在商标权特许使用费海关认定中是具有一定准确性和实用性的。最后，基于上述理论论述和案例分析，笔者针对商标权特许使用费乃至整个特许权使用费海关估价工作，尝试总结实践经验并提出了可行性建议，希望可以提高现行法律法规的可操作性，使特许权使用费的海关认定更加准确、公平，以实现海关职能和行政正义。