本文以重庆市公路运输系统为研究对象,运用公路运输经济学、系统工程学、统计学、管理学等相关理论作为理论基础,针对公路运输系统运行效率进行研究。文中首先采用聚类分析法以2007年至2010年全国31个省市公路交通数据作为实证分析依据,运用SPSS统计软件对全国31个省市的公路运输系统运行效率水平进行精确的测定和聚类,进而可以了解重庆市公路运输系统运行效率水平在全国所处的位置。聚类分析结果表明：2007年和2008年,重庆市公路运输系统运行效率在全国均处于一般的水平,而到了2009年,重庆市公路运输系统运行效率跃升一个台阶,在全国处于较高的水平,2010年重庆市公路运输系统运行效率则降了两个档次,被归入运行效率低的行列之中。其次,使用数据包络分析法中基于投入导向的CCR和BCC模型对重庆市公路运输系统运行效率进行综合评价,根据评价结果进行纯技术效率分析、规模效率分析、总技术效率分析、区域差异分析以及投入无效分析,最后得出的结论为：重庆市公路运输系统在2007-2010年均处于运行无效率的状态,重庆市公路运输系统运行无效率主要来源于规模无效率最后,根据实证分析结论并结合当前重庆市公路运输系统现状,给出了加快公路交通基础设施建设、完善公路交通管理、调节公路运输工具的结构、学习与借鉴先进经验等四个提高公路运输系统运行效率的建议,以期为公路交通部门进行公路交通规划和管理提供决策支持。