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三都湾是闽东海洋经济的重要组成部分,以奇独特的环境,已成为全省仍至全国最大的内湾性大黄鱼网箱养殖基地,也是我国惟一的内湾性大黄鱼产卵场地,典型的近封闭型港湾,其环境状况倍受重视。自20世纪90年代以来,大黄鱼养殖得到迅猛发展,成为闽东海洋经济发展的支柱产业之一。湾内环境主要受沿岸陆源径流和外海水系影响,在湾外赤潮频发的情况下,尚未发生内源性赤潮,也未曾受到外源性赤潮的影响。然而,随着闽东经济的发展,人口向沿海城镇聚集,入海污染物质日益增多,其中含有相当一部分的营养盐物质,在不同程度上促使海域无机氮和活性磷酸盐含量处于相对较高水平。若湾内环境不注意治理,让湾顶区的氮、磷高含量向湾口区延伸,或遇高温、干旱年份,赤潮生物将随着湾外相对高盐水向湾顶区扩展,那么湾内发生赤潮就在所难免。一旦发生赤潮,湾内环境比湾外更难恢复,将严重影响水产养殖业的进一步发展。为此,本研究采用三都湾海域作为研究对象,开展了环境因子的调查监测,进行了水环境理化因子和赤潮生物的研究,探讨了理化因子与赤潮藻之间的关系。结果表明:（1）三都湾N、P含量相对较高,从时间变化上看,N含量呈现春季高于秋季高于夏季的趋势,P含量呈现秋季最高,春季次之,夏季最低;从平面分布上看,N、P二者均呈现湾项区向湾口区递减的变化趋势。（2）N/P值比高值区出现在湾口的Fjchch08站位,低值区出现在湾顶的Fjchch07站位,有82.14%测值均小于N/P值正常比16:1,说明三都湾水体处于N缺乏状态,所以N才是该海域赤潮生物生长、繁殖的限制因子。（3）营养状态指数E值高值区出现在Fjchch07站位,Fjchch05站位次之,低值区出现在Fjchch06站位,监测结果表明,湾顶区水域已开始呈富营养化态势。（4）三都湾共鉴定出浮游植物34属,62种,包括硅藻门28属51种,甲藻门6属11种。其中发现赤潮生物36种。优势种有中肋骨条藻、角毛藻、海链藻、直链藻和米金裸甲藻等,尤其是中肋骨条藻几乎在整个监测期间都保持着相当大的比例,大部分时间为第一优势种。（5）根据监测结果,并应用回归分析方法计算表明,水温、pH、COD、DO、DO饱和度、PO4--P、E、叶绿素a、N/P值与赤潮藻细胞数之间呈现出不同季节性显著相关关系,结合闽东海域赤藻发生特点和规律,以及有关研究报道,我们认为尤其是pH、COD、DO、DO饱和度、叶绿素a作为湾内环境敏感因子与赤潮藻保持着密切关系。这与调查期间湾外海区赤潮发生检测结果相吻合（赤潮发生期,pH值高达8.66,COD含量高达19.76mg/L,DO含量高达13.50mg/L,DO饱和度高达189.9%,叶绿素a含量高达82.38μg/L）。（6）回归分析表明,三都湾海域水体中盐度、透明度、弧菌总数、DIN、NO2--N、NO3--N、NH3-N与赤潮藻的关系均呈相关性不显著。这可能是由于湾内水体受陆源径流与外海水潮流的影响较大,使三都湾水体上述监测指标测值变化较复杂的缘故。