基于自组织映射的人组织基因表达谱数据分析

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人类基因组的研究表明人类大约有30000-40000条编码蛋白的基因,但是并不是所有的这些基因在每一个细胞中都是必须的,与在每个组织中都表达的管家基因相比,组织特异性基因只在特定的组织中表达。管家基因在细胞表达的过程中发挥各种各样的关键作用,而组织特异基因的表达与不同器官有关。了解基因在组织中的表达情况,不仅对功能基因的研究有重要作用,而且对复杂疾病的研究与治疗也有非常重要的作用。本文的目的就是采用基于自组织映射(SOM)的方法找出人体组织特异性基因及管家基因,以对人组织基因做更进一步的深入研究。   本文首先采用SOM算法对Hsiao等人得到的人19个组织的59个微阵列实验样本进行分类,通过分类结果的比较,发现自组织映射聚类的方法相对于层次聚类等方法能比较好的按照组织的内在表达模式对其进行分类;通过对样本组织的适当分类之后对人组织基因的表达差异性进行分析,从中找出人19个组织特异性基因和管家基因,所得结果对实验具有一定的指导作用。
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