鱼类是脊椎动物中最原始且种属数量最多的类群,分布极为广泛,它的起源复杂,多样性程度高、且遗传多样性十分丰富,因此其系统进化和遗传多样性研究是长期热点。青鳉属具有体型小、易繁殖等特点,研究深入的日本青鳉等物种已被开发为重要模式生物。然而,该属鱼类属于非食用鱼类,分布于东南亚和中国的多个物种研究滞后。其中,西里伯斯青鳉尚缺少线粒体全序列数据,而中华青鳉尚缺少群体遗传学研究。本研究利用转录组数据测定并注释了亲本源自新加坡的西里伯斯青鳉的线粒体基因组全序列,结果表明:西里伯斯青鳉线粒体基因组序列全长为16493bp(Genbank登录号为MN064715),碱基组成和基因结构与其他硬骨鱼类基本相似,包含37个基因和1个控制区。13个蛋白质编码基因中,除了COⅠ基因的起始密码子为GTG外,其余均为ATG。22个t RNA基因,均能形成完整的三叶草型二级结构(除t RNA-ser)。基于mt DNA构建的青鳉属进化树显示,其与萨拉青鳉和花斑青鳉的亲缘关系较近,在系统发育上属于较晚分化出来的物种。本研究获取了云南保山青华海、吉林莫莫格、云南大理剑湖、云南昆明花红园、云南丽江拉市海、云南香格里拉纳帕海、贵州黔西、贵州草海、广西全州,共9个地理群体的中华青鳉样本,对扩增测定的76条COⅠ序列进行遗传多样性进行分析,结果表明:多序列比对确认的601个同源位点中变异位点数为39个,包含单一突变位点6个。T、C、A、G碱基组成分别为:31.6%、26.6%、24.2%、17.6%,其中A+T(55.8%)高于C+G(44.2%);群体间平均遗传距离在0.000-0.035之间。全部76条序列的单倍型数为23,核苷酸多样性为0.01676,单倍型(基因)多样性为0.868,全州群体单倍型多样性最高为69.23%;平均核苷酸差异为10.07;遗传分化及聚类分析表明9个中华青鳉群体间出现了一定程度的分化,基因流偏低。