长三角区域一体化发展战略中海关管理制度的建设与完善主要是为了打破现行的海关处于不同行政区域的限制,解决基础设施重复低效建设、产业结构趋同、持续发展能力不高等问题。从长三角各海关的长远发展看,制度整合也能为海关服务区域发展提供全新的思路和契机,如果各海关能突破部分地方利益,主动地进行制度整合,将推动长三角地区的经济发展进入一个全新的发展阶段,在经济全球化、信息化、一体化的大趋势下获得更多的发展契机。鉴于长三角海关管理制度是在中国海关管理制度建设的总体框架和要求下,结合区域自身特点和区域内海关实际情况而不断发展起来的,为此,作者首先从中国海关制度的现状与发展入手,努力寻找长三角海关管理制度与之一脉相承的发展趋势,以及该区域特征对海关管理制度建设提出的与众不同的要求。在此基础上,通过调阅大量资料,并以走访调研的形式与上海市政府发展研究中心、长三角合作交流办以及长三角区域内各兄弟海关进行沟通交流,笔者获取了相关真实数据和情况,据此梳理分析出长三角区域一体化发展对海关管理制度的要求,即：区域间交易成本的降低、各方利益关系的统筹、海关现行管理体制的维持、现代物流发展规律的遵循。同时,也切实找到了长三角区域内各地海关在联动发展方面存在的瓶颈问题,包括：一、海关现行管理体制体制与长三角一体化的发展要求不相适应；二、“大通关”的实际效能尚未充分发挥；三、区域通关模式有待进一步完善；四、口岸管理水平亟待提升。五、区域内海关资源配置不尽合理等。长三角区域一体化是一个动态的发展过程,笔者认为,海关的行业性质决定了其支持服务长三角一体化发展应体现出通关一体化的基本特征,努力实现“通关协作、区域联动、资源整合、和谐发展”的目标愿景。在目前行政管理体制改革条件尚未成熟的情况下,可以从行政管理、职能管理、区域执法、信息技术、口岸管理等五方面切入,对海关管理制度进行不断完善,逐步推进长三角海关管理的一体化,以期更好地发挥海关在长三角区域一体化发展中的作用。