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原发性肝细胞癌（HCC）是一种发病率高且预后差的恶性肿瘤，在我国其发病主要与乙型肝炎病毒（HBV）感染有关。然而，导致肝癌发病的分子机制尤其是内在的遗传学机制目前尚未完全了解清楚。为了寻找肝癌发生发展过程中的内子分子机制，本论文基于对10例伴有肝门静脉癌栓（PVTT）的原发性肝癌患者组织样本的外显子组深度测序数据，筛选、鉴定出重要新型突变基因ARID1A，SAMD9L等并进一步验证它们对肝癌细胞生长、迁移、侵袭、成瘤性以及细胞周期的影响。首先，我们针对在10例肝癌病人中发生2次非沉默突变的候选基因，扩大分析的肝癌病人样本数量，通过PCR-Sanger测序方法检测它们的突变频率。利用RNA干扰技术分析重要突变基因ARID1A，SAMD9L等基因对肝癌细胞体外生长、克隆形成能力以及迁移及侵袭能力的影响。另外，用逆转录-聚合酶链式反应（RT-PCR）检测SAMD9L基因在肝癌组织及细胞株中的表达情况。通过流式细胞仪检测SAMD9L基因沉默对肝癌细胞周期进展以及BrdU掺入的影响；利用细胞免疫荧光标记技术分析RNAi干扰SAMD9L基因对肝癌细胞BrdU掺入率的影响。构建SAMD9L基因表达稳定下调的肝癌细胞株并注射到裸鼠皮下，观察细胞成瘤情况。利用TOP/FOP Flash体系检测SAMD9L基因沉默对Wnt信号通路的影响，Western blot分析β-catenin蛋白水平的变化。研究发现，在110对HBV背景的肝癌样本中有14例存在ARID1A基因突变，突变频率为12.7%。在130对肝癌样本中，7例出现SAMD9L基因突变，突变频率为5.38%。在肝癌细胞系MHCC-97L和MHCC-97H中用siRNA干扰ARID1A表达可以促进肝癌细胞的生长，软琼脂克隆形成，迁移及侵袭能力。SAMD9L基因在肝癌组织及肝癌细胞系中表达下调。干扰SAMD9L表达明显促进肝癌细胞增殖，克隆形成及成瘤能力。进一步研究显示，干扰SAMD9L基因促进细胞周期S期细胞增多并活化Wnt/β-catenin通路。以上数据说明ARID1A和SAMD9L基因是重要的肝癌抑制基因。