【摘 要】
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二甲基巯基丙酸内盐（DMSP）分解释放出的二甲基硫醚（DMS）是最丰富的天然有机硫化物的来源。RlDddP是一种包含双核铁离子的DMSP裂解酶,能够催化DMSP分解成DMS和丙烯酸盐。本论文中,
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二甲基巯基丙酸内盐（DMSP）分解释放出的二甲基硫醚（DMS）是最丰富的天然有机硫化物的来源。RlDddP是一种包含双核铁离子的DMSP裂解酶,能够催化DMSP分解成DMS和丙烯酸盐。本论文中,以来自于海洋玫瑰杆菌类群细菌Ruegeria lacuscaerulensis ITI1157的DMSP裂解酶（RlDddP）为研究对象,使用非限制性密度泛函理论（UDFT）的杂化B3LYP方法,计算模拟了RlDddP催化DMSP分解的反应过程,表征了各个反应路径中的中间体和过渡态,并绘制了相应的能量曲线,提出了具体的催化反应机理。（1）RlDddP催化的DMSP分解反应采用了协同式的β-消除机制,随着底物α-质子被Asp377夺取,底物的Cβ-S键的断裂,同时形成Cα=Cβ双键,一步生成DMS。（2）尽管在RlDddP-抑制剂复合物的晶体结构中观察到氧（Oμ）桥接物质的存在,但是计算发现,在RlDddP催化反应过程中两个铁离子之间没有任何的Oμ桥接物种。Oμ桥接氢氧根或Oμ桥接水分子的存在,将显著增加反应能垒。（3）计算发现,中性Lys419相对于质子化Lys419更有利于催化反应的发生。RlDddP酶可以将Lys419的pKa从常见的～10.5显著降低到6.19,从而提高中性Lys419的浓度,促进催化反应。
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