树鼩KLF基因家族鉴定及进化、表达模式分析

来源 :昆明理工大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:mitudierwa
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研究目的:KLF基因家族是一类含有三个高度保守的串联锌指结构的转录因子家族,KLF因子调控基因的表达,在动物细胞的增殖,分化,衰老,死亡以及癌变中起着重要作用。树晌作为与人类亲缘关系较近的类灵长类动物,正在成为一种新型而有潜力的疾病动物模型。而树鼩的KLF基因家族的系统发生及表达谱还没有得到研究。因此我们需要鉴定出17种KLF因子,然后对基因家族全长以及锌指结构域进行系统分析。对N端可变序列所包含的CtBP和Sin3A结合序列以及核定位性号(NLS)进行序列分析有着重要意义。同时预测并分析一些转录因子翻译后修饰位点,如泛素化,磷酸化,乙酰化,SUMO化。最后分析了KLF因子的mRNA和protein表达谱。研究方法:根据物种同源性分别设计树鼩KLF2,5,9 CDS区PCR引物。通过PCR扩增出目的片段。然后进行T-A克隆并测序验证,得到正确的TS-KLF2,5,9 CDS序列。从NCBI数据库获取其余14种不同的TS-KLF CDS序列。通过生物信息学软件Clustal X进行不同物种间或是物种内氨基酸全长或锌指结构序列比对。然后使用MEGA 5的临近相连的方法(NJ)来分析树鼩KLF家族系统发生及保守性。通过在线软件BoxShade进行多重序列的比对来分析一些重要的基序,如CtBP, Sin3A, NLS以及TS-KLF5的泛素化,磷酸化,乙酰化,SuMO化等位点。此外,通过实时荧光定量PCR和蛋白质免疫印迹以及免疫组化来分析TS-KLF的表达模式。结果:基因鉴定得到了KLF2,5,9的序列,提交到GENEBANK,得到序列号如下:KT948683, KT948685, KT948684。树晌有17种KLF因子,氨基酸全长进化树分析表明它们在物种间保守。树鼩高度保守的锌指结构与人有超过平均97%的同源性,略高于小鼠。锌指结构进化树分析发现树晌KLF1,2,5,17在进化地位上明显比小鼠更接近于人。对高度可变的N端功能基序的分析表明TS-KLF3,8,12有保守的CtBP结合基序PVDLS/T, TS-KLF9,10,11包含保守的Sin3A结合基序AA/VXXL。 NLS序列比对发现树鼩KLF1,4,8,13在N端拥有高度保守的NLS序列。进一步对TS-KLF5序列单独分析发现TS-KLF5序列中存在重要的翻译后修饰位点,如CPD和PY泛素化结构域,S153磷酸化,K369乙酰化,K162和K209 SuMO化。Q-PCR, WB, IHC揭示了树鼩KLF因子在不同组织中有不同的表达模式,在mRNA水平以及蛋白质水平上的表达模式也不尽相同。结论:树鼩KLF基因家族在进化上较保守,比小鼠更接近于人。TS-KLF结构与功能和人体中有很多类似的地方。树鼩可以作为更好的人类疾病模型。本文的研究结果为将来进一步研究树鼩KLF基因家族的结构与功能提供了一些基础数据支持。
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