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目的：了解2013～2015年内蒙古地区手足口病（HFMD）流行病学特征，通过基因测序掌握我区EV71型HFMD的遗传进化特征，为HFMD防控和疫苗接种工作提供科学依据。 方法： 1.通过“中国疾病预防控制信息系统”收集2013～2015年内蒙古地区HFMD疫情资料，描述不同地区、不同时间、不同人群发病特征。 2.采用Real-time RT-PCR方法，对全区HFMD样本进行检测，EV71阳性样本用RD细胞进行病毒分离。 3.利用GenBank下载国内外EV71各亚型参考株，运用DNAMAN.Ink、EditSeq7.1、Mega6.0软件进行序列拼接，计算各亚型间遗传距离，并构建系统进化树，分析EV71流行亚型。 结果： 1.HFMD流行病学监测结果：2013～2015年内蒙古地区报告HFMD46549例，年发病率分别为66.72/10万、70.75/10万、48.97/10万。2013～2015年累计病例数最多的为赤峰市，共报告9393例，占全区发病数的20.2%；平均发病率最高的为乌海市，为173.28/10万。HFMD发病有明显季节性，6～7月为发病高峰。HFMD发病男女比为1.4:1，2～5岁年龄组高发，占总数的70.71%，散居儿童易感染。 2.实验室检测结果：2013～2015年共收集HFMD样本4890份，检出肠道病毒核酸阳性2979份，其中检出921份EV71，1093份CA16，965份其他肠道病毒，所占构成比分别为30.9%、36.7%、32.3%。重型阳性样本122份，检出87份EV71，占其构成比为71.31%。EV71阳性样经RD细胞病毒分离培养，分离出145株，分离率为15.7%。 3.分子生物学研究：2013～2015年EV71测序株与C4a亚型遗传距离最近，在0.03～0.05之间，与A型株组间遗传距离在0.13～0.14之间，与组外株CA16遗传距离为0.26。系统进化树分析，6株EV71测序株与安徽阜阳代表株（FY23/AH/CHN/08）及疫苗株（Fuyang.Anhui P.R.C/17.08/3）同在一主要分支，属C4a亚型；与A型、B型及CA16均不在同一分支，亲缘性较远。 结论： 1.2013～2015年全区各盟市均有 HFMD病例报告，其中赤峰市累计发病数最高，乌海市平均发病率最高；发病高峰在6～7月；2～5岁年龄组高发，散居儿童易感染。 2.实验室检测结果显示，轻型样本中检出CA16比例较高，重症样本中检出EV71比例较高，粪便样、咽试子样均采集者检出EV71比例高。 3.分子生物学研究发现2013～2015年内蒙古地区EV71毒株属于C4a亚型，与疫苗株属同一亚型。