【摘 要】
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双链RNA结合蛋白ILF3在动物体内广泛存在,被报道参与了包括转录调控、miRNA的生成、RNA稳定性以及响应病毒感染等重要生物学过程。但由于ILF3结构及生物学功能的复杂性,目前关于ILF3蛋白的靶标和调控作用尚不明确。在本课题中,我们靶向ILF3对RNA的调控,优化CLIP-seq技术和小RNA-seq技术方案,整合分析包括RNA-seq、small RNA-seq、CLIP-seq以及ChI
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双链RNA结合蛋白ILF3在动物体内广泛存在,被报道参与了包括转录调控、miRNA的生成、RNA稳定性以及响应病毒感染等重要生物学过程。但由于ILF3结构及生物学功能的复杂性,目前关于ILF3蛋白的靶标和调控作用尚不明确。在本课题中,我们靶向ILF3对RNA的调控,优化CLIP-seq技术和小RNA-seq技术方案,整合分析包括RNA-seq、small RNA-seq、CLIP-seq以及ChIP-seq数据在内的多维组学数据,全方位解析ILF3蛋白在细胞中的RNA靶标和生物学功能。我们通过细胞核CLIP-seq数据得到了更为精确的ILF3在细胞核内的RNA结合图谱。我们在小RNA测序建库中使用spike-in进行均一化处理,发现ILF3可能抑制部分miRNA的表达。RNA-seq数据分析表明,敲低ILF3后大部分基因表达下调,并且这些基因与损伤修复及抗病毒感染通路高度相关。ChIP-seq数据分析揭示ILF3在启动子区域显著富集,表明ILF3也可能在转录水平上调控靶基因的表达。最后,我们利用RNAseq数据分析了ILF3参与的RNA可变剪接调控。总体上该研究通过整合分析ILF3的多维组学数据,在转录和转录后等多层次上对ILF3蛋白的生物学功能进行了系统解析。分析结果提供了ILF3蛋白所调控的各类RNA事件,这将有助于全面理解ILF3在细胞中发挥的功能及作用机制。
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