葡萄两个重要SBP基因的克隆、亚细胞定位及表达分析

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葡萄属于葡萄科葡萄属植物,是世界性重要果树之一。其基因组较小(约为500Mbp),大约是拟南芥基因组大小的3到4倍,同时也是继拟南芥、水稻、杨树之后完成全基因测序的第四种开花植物,因此葡萄已成为分子生物学研究的重点对象。真核生物转录因子是近几十年来发现的一类在真核基因转录时起调节作用的蛋白质,有关研究相继从高等植物中分离出一系列调控发育及逆境反应等相关基因表达的转录因子。SBP转录因子是高等植物所特有的一类转录因子,该家族具有许多重要的生物学功能,例如:其在植物的生长发育过程中起重要作用。而关于葡萄SBP转录因子家族的研究才刚刚起步,为进一步探索SBP转录因子家族的结构与功能,本研究利用生物信息学对葡萄SBP家族进行了分析,并利用电子克隆及3’RACE技术克隆了夏黑葡萄SBP家族两个基因Vv-SPL9和Vv-SPL10的cDNA全长,构建了亚细胞定位表达载体,对其是否具有核定位功能的进行了研究,采用半定量和荧光定量RT-PCR方法分析这基因在葡萄不同组织中的表达情况,同时研究了microRNA156a (Vv-miR156a)与这两个基因表达之间的关系,对葡萄SBP家族的这两个基因有了初步的认识,重要研究结果如下:1.葡萄SBP基因家族生物信息学分析,根据拟南芥SBP保守区域的蛋白序列在NCBI中检索相匹配的序列,之后利用Pfam软件检索葡萄无冗余蛋白质数据库,共得到45条葡萄候选SBP氨基酸序列,其中近半数具有葡萄microRNA156a(Vv-miR156a)识别位点,之后又进行了基因定位、氨基酸组成成分、理化性质及空间结构分析,对葡萄SBP基因家族的性质有了初步认识。2.利用电子克隆及3’RACE技术获得了葡萄两个SBP类转录因子基因Vv-SPL9和Vv-SPL10的cDNA全长,登录号分别为HM018600和HM018601,cDNA全长分别为1649bp和1709bp。经序列分析发现这两个基因编码的蛋白质均具有SBP转录因子的典型特征,证明从葡萄上成功地分离出了拟南芥SPL9和SPL10的同源基因Vv-SPL9和Vv-SPL10。3.构建了Vv-SPL9和Vv-SPL10GFP表达载体,并进行了亚细胞定位分析。结果显示两者都仅在核内产生绿色荧光,即表明Vv-SPL9和Vv-SPL10均具有核定位功能。4.利用半定量和荧光定量RT-PCR技术分析了Vv-SPL9、Vv-SPL10和Vv-miR156a在葡萄不同组织中的表达,结果显示这两个基因在各个组织中均有表达,但量存在差异,两者均在幼果中的表达量最高,中果及大果中渐弱,表明这两个基因与果实的发育有关,同时它们的表达还受Vv-miR156a的调控。
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