橘红海生杆菌SYL130~T的多相分类学鉴定

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自然界中有十分丰富的微生物资源,目前已分类鉴定的微生物约有15万种仅为微生物总量的10%左右,其中已开发利用的仅占1%。因此,仍有大量的未知微生物资源需要挖掘并研究其应用。本研究对韩国釜山公园污水沉积物土壤进行了菌种的分离筛选,对55株菌的16S rRNA基因序列进行比对,发现它们分布在Pedobacter、Sphingobium和Sphingomonas等18个属,Sphingobium属菌株所占比例最大。通过进一步鉴定得到了疑似新菌SYL130。SYL130为一株好氧菌株,在R2A培养基中呈橙色菌落。其细胞为弯曲杆状,革兰氏染色为阴性,可进行滑行运动。对SYL130进行16S rRNA基因序列比对发现该菌株与Sediminibacterium aquarii JCM 31013T(96.1%)相似度最高且与Sediminibacterium属其它菌株相似性均小于97%。利用邻近距离法、最大似然法、最大简约法构建进化树,发现该菌在进化树中一直稳定的与Sediminibacterium aquarii JCM 31013T聚在一个小分支,再与该属的其他成员聚在一个大分支。根据进化树分析和菌株SYL130的16S rRNA基因序列分析,SYL130可能是Sediminibacterium属的一个新种。以Sediminibacterium属的相关菌株Sediminibacterium aquarii JCM 31013T,Sediminibacterium goheungense KCTC 23945T和Sediminibacterium salmoneum NBRC 103935T为参考菌株对SYL130进行了多相分类学鉴定,发现SYL130对NaCl无耐受性,生长温度范围为4-37°C,生长pH范围为5.0-7.0,DNA G+C mol%含量是47.8 mol%,主要脂肪酸(>5%)为iso-C15:15:1 G(23.22%)、iso-C15:0(28.29%)、anteiso-C15:0(5.98%)、iso-C16:06:0 3-OH(5.61%)和iso-C17:03-OH(9.56%),主要极性脂为磷脂酰乙醇胺、未知的氨脂、未知的氨基磷脂、两种未知的氨基磷脂和六种未知的脂质,主要的呼吸醌为MK-7。此外,SYL130与参考菌株有明显的生理生化特性差异,如其生长温度和生长pH范围,可同化L-阿拉伯糖和D-麦芽糖,没有α-半乳糖苷酶活性等特性与参考菌株有明显不同。通过表型、基因型和化学分类学特征分析证明了SYL130即符合Sediminibacterium属内特征又具有自身独特的特性,因此我们提议将菌株SYL130作为一个新种归类于Sediminibacterium属,命名为Sediminibacterium roseum(KCTC 52860T=CCTCC AB 2017082T)。Sediminibacterium属菌株在环境污染的治理方面十分有潜力,但是其应用价值仍需通过大量实验进一步挖掘。
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