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本研究通过在2008-2010年间对全太湖开展了大规模的、每月一次的调查,检测浮游植物、浮游甲壳动物、TN、NH4-N、NO3-N、NO2-N、TP、PO4-P、pH、水温、溶解氧、透明度和电导率。探讨了浮游生物群落结构特征及其分布与环境因子之间的关系,主要从以下两方面进行研究：(1)太湖蓝藻水华的限制因素；(2)微囊藻水华对浮游甲壳动物群落结构的影响。太湖水域面积大,营养物质浓度水平波动较大,北部湖湾和西部沿岸营养盐浓度较高,东太湖和东部沿岸营养盐浓度偏低。研究期间共鉴定出浮游植物87属8门。其中绿藻门种类数最多,其次是硅藻门,再次是蓝藻门。浮游植物优势种类为微囊藻、鱼腥藻、小环藻、针杆藻、隐藻、蓝隐藻等。从生物量组成上看,浮游植物主要由蓝藻、硅藻、隐藻和绿藻四大门类组成。浮游植物时间变化明显,2009年6-11月浮游植物以蓝藻占优势,其他月份硅藻、隐藻和绿藻共同占优势。空间分布上的特点是：除了东太湖和东部沿岸硅藻、隐藻、蓝藻和绿藻共同占优势；其他湖区蓝藻起占主导地位。冗余分析结果显示浮游植物群落主要受枝角类(cladocera)、化学需氧量(COD)、溶解氧(DO)、水温(T)、总磷(TP)和硝态氮(NO3-N)影响,这6个变量共同解释浮游植物总变异的42.9%。蓝藻(Cyanophyta)生物量与枝角类(cladocera)、化学需氧量(COD)、水温(T)、总磷(TP)和硝态氮(NO3-N)正相关,与溶解氧(DO)负相关。在调查的2年间,全湖浮游甲壳动物的特点是密度高多样性低。浮游甲壳动物以小型枝角类和桡足类为主。研究期间共鉴定出浮游甲壳动物30种属,其中枝角类19种属,桡足类11种属。枝角类优势种类为简弧象鼻溞(Bosmina coregoni)和角突网纹溞(Ceriodaphnia cornuta),桡足类优势种类为汤匙华哲水蚤(Sinocalanus dorrii)和中华窄腹剑水蚤(Limnoithona sinensis)。浮游动物群落结构有明显的时间变化,与微囊藻相似从晚春到秋季生物量较高。2008.12和2009.11-2010.4浮游甲壳动物以桡足类为主,其他月份枝角类占优势。从空间分布上看,在微囊藻水华爆发较严重的西北部湖区枝角类占优势,东部湖区以桡足类为主。逐步回归结果显示微囊藻生物量对枝角类优势度(枝角类占浮游甲壳动物总生物量百分比)解释量最大,其次是电导率和透明度。枝角类生物量与微囊藻极显著正相关(r2=0.73,P<0.001)。在种属水平上枝角类优势种也与微囊藻显著正相关(简弧象鼻溞,2=0.69,P<0.001；角突网纹蚤r2=0.52,P<0.001)。与枝角类相比,桡足类与微囊藻的相关性较弱(r2=0.44,P<0.001)。我们研究认为在太湖蓝藻水华可以调节小型枝角类与桡足类的竞争机制,提高小型枝角类的竞争力。