论文部分内容阅读
目的1.建立重性抑郁障碍外周血白细胞中差异LncRNA/mRNA共表达网络；2.应用生物学与信息学手段，筛选抑郁障碍差异表达的LncRNA并进行初步分析。方法采用病例-对照研究，严格按照入排标准，收集病例组和对照组各10例，控制性别、年龄等因素后，对病例组和对照组进行一一配对，采用DSM--IV轴I障碍定式临床检查（SCID-I/P)对重性抑郁障碍患者进行筛查诊断，应用汉密尔顿抑郁量表(HAMD)进行临床症状的评定,要求病例组符合HAMD21分（17项）或35分（24项）。提取外周血总RNA，应用微阵列技术使用Arrystar公司LncRNA芯片（可同时检测LncRNA/mRNA），检测外周血白细胞中的LncRNA、mRNA并进行聚类分析,比较病例组和对照组LncRNA差异表达的情况，并建立LncRNA/mRNA的共表达网络；其次，查阅文献报道抑郁障碍密切相关的mRNA以及上述方法检测出的差异表达mRNA，结合芯片筛选出的LncRNA，按照特定基因表达标准化信号强度，筛选出差异表达中起核心调控作用的LncRNA。使用NimbleScan software (version2.5）对原始数据进行预处理后，采用SPSS17.0软件包进行统计分析，在实验组、对照组先控制性别年龄，采用随机方差模型（Random variance model，RVM）校正后进行两分类差异基因筛选(Two classification difference genetic screening，TwoclassDif），采用t检验方法，得到显著差异表达的mRNA和LncRNA；对筛选到的差异mRNA和LncRNA进行共表达（co-expression）分析，以P0.05为差异有统计学意义，筛选出在共表达网络中起核心调控作用的LncRNA，并对其进行初步分析。结果1.重性抑郁障碍患者外周血白细胞长链非编码RNA与对照组相比，差别具有统计学意义（P＜0.05），共筛选出2795条差异表达mRNAs；960条差异表达的LncRNAs，其中729条表达上调、231条表达下调，据此构建重性抑郁障碍外周血白细胞中差异LncRNA/mRNA共表达网络。2.重性抑郁障碍患者外周血白细胞中chr1:29493450-29493605chr1:76255317-76255564chr3:47048304-47048512chr5:134693047-134693150chr10:27802593-27802714chr10:103554357-103554675chr11:64534866-64535009chr14:21698593-21698781chrX:108927695-108927824chr20:25670953-25671104chr13113570824-113570935等11条LncRNA的表达，差别具有统计学意义（P＜0.05）。结论1.重性抑郁障碍患者外周血LncRNA存在差异表达；2.11条差异表达的LncRNA可能与抑郁障碍相关。