猪瘟病毒的种内重组和演化信号的分析

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以猪瘟病毒的编码序列作为研究对象,通过对基因树的比较和四重体分析,研究猪瘟病毒毒株间可能的重组关系.分析结果表明,ALD(D49532)与GPE-(D49533)间可能有一重组片断E0,E1,E2(Glu268-Gly1062),而持续感染毒株CSFV39(AF407339)中的NS5A-NS5B(Ser2684-Val3898)可能来源于Shimen强毒株(AF092448).这说明不同猪瘟病毒极有可能在自然环境或减毒疫苗的制备过程中由于混合感染而发生遗传物质的交换,从而适应宿主环境的改变,并产生特殊的表型.演化噪音广泛的存在于核酸和氨基酸序列中,会影响同源序列的演化分析,因此,在进行演化分析前,应该对序列数据作适当的噪音分析.传统的分析往往以全基因组序列里的几个感兴趣的独立区域为研究对象,而我们以一种被称为滑动窗口的分析策略来具体分析猪瘟病毒全序列以获得理想的演化分析靶区.通过这种方法,一方面我们可以摆脱序列分析长度(比如不同的基因区的长度不一致)的影响,另一方面可以直接考虑全基因组的信息.得到的靶区能很好的反映全长序列的演化关系.在开放阅读框内,密码子第三位含有比密码子第一、二位更多的有效演化数据.这是符合分子演化中的中性理论的.因此,使用猪瘟病毒的核酸序列作演化推导比用氨基酸序列更有利于获得正确的演化关系.这些结果为以后的猪瘟病毒分子演化分析奠定理论基础并为分析其他全基因组序列提供了一个参考.
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