朱顶红(Hippeastrum spp.)为石蒜科(Amaryllidaceae)朱顶红属(Hippeastrum)所有种类的总称,其花大色艳、叶形优美,具有较高的观赏价值。由于长期进行人工栽培选育,导致朱顶红原种因观赏价值不高及适应性不强而丢失,进而导致大部分栽培品种无法确认各自的亲缘关系；而杂交品种则存在较大的遗传分化,遗传多样性高,传统的分类方法很难区分种及品种；我国目前引进的朱顶红品种普遍存在名称混淆、遗传背景不清等现象,这些都为朱顶红品种资源的保存、品种的分类与鉴定、品种的多样性分析等带来了困难,严重限制了朱顶红的杂交育种及生产推广。本研究通过形态性状与ISSR分子标记相结合,对62个朱顶红品种进行遗传多样性分析与品种鉴定,主要研究结果如下：1.形态性状的主成分分析对朱顶红品种的15个形态性状作主成分分析,得出第一主成分包括3个性状：单重瓣、柱头长度和雄蕊长度；第二主成分包括5个性状：花冠直径、花葶高、花葶直径、花期最大叶长和花期最大叶宽；第三主成分包括4个性状：萌叶期、花苞萌动期、第一朵小花展开时间和第一葶花凋萎时间；第四主成分包括3个性状：花色、花期叶片数和小花数。四个主成分的累积贡献率达到71.517%2.基于形态性状的聚类分析基于15个形态性状用类间平均连接法对朱顶红作聚类分析,结果显示：大部分品种依次按照主成分一二三四的顺序,在欧式距离15处被分为5组。一些主成分一二三不同的品种因花色相同而聚在一起,可以看出花色对朱顶红的分类具有较大的影响。部分被聚在一起的品种形态特征极其相似,难以辨别。3.ISSR-PCR反应体系优化及引物筛选确定出适合朱顶红的ISSR-PCR扩增体系：扩增体系为20μl,其中Taq DNA聚合酶1.0U、40ng模板DNA.2μl10×PCR Buffer,其它成分终浓度分别为：Mg2+1.5mmol·L-1、dNTP0.15mmol·L-1、引物0.50μmol·L-1。扩增程序为：94℃预变性5min；94℃变性40s,55℃复性45s,72℃延伸90s,38个循环；72℃延伸8min;4℃保存。在100个ISSR引物中筛选出11个多态性高、条带清晰的引物,用于朱顶红品种的遗传多样性分析。4.基于ISSR标记的聚类分析朱顶红品种间的遗传相似系数为0.3714～0.8429,变幅较大,表明各品种间具有丰富的遗传多样性。聚类结果显示：在遗传相似系数0.63处将62个品种分为7组,聚在一起的品种表明其具有较高的同源性。各组中许多形态相似的品种被聚在一起,如‘本地1’、‘本地2’,‘花边香石竹’、‘红里花边香石竹’、‘约翰逊’,‘雅典娜’、‘圣诞礼物’、‘阿尔卑斯之角’、‘耀眼的路德维格’等,这与形态特征的聚类结果一致,表明基于ISSR标记对朱顶红品种进行遗传多样性分析是准确可行的。5.综合两种聚类分析的结果ISSR标记的聚类结果与形态性状的聚类结果既有差异,又有一致性。形态性状的聚类主要是按照主成分一二三四的顺序分类,而ISSR标记的聚类是按照品种间遗传相似系数大小来分类。但两种聚类结果也有相同点：许多花色花型一致的品种聚在一起。因此,将第一主成分的单重瓣性状与第四主成分的花色综合起来,并结合ISSR标记的品种间遗传相似系数共同作为朱顶红品种分类与遗传关系分析的第一级会更加合理。6.朱顶红品种的ISSR指纹图谱的构建及品种鉴定从11个引物中筛选出两个多态性高、重复性好的引物对朱顶红进行品种鉴定。‘小红星’和‘精灵’分别在引物UBC873扩增的450bp处和UBC835扩增的3000bp处产生特异性扩增。引物UBC835可以鉴别出50个品种,引物UBC873可以鉴别出44个品种,而利用引物UBC835和UBC873构建的ISSR指纹图谱可以鉴别所有62个品种。