创新成为推动经济迅速发展的重要力量,专利是创新成果的主要表现形式,在生产实践中成功应用专利是提高生产力的重要动力。由于我国各区域的经济水平和产业结构等方面存在不同,因此,各区域的专利创新效率存在差异。为增强专利创新在区域经济增长中的带动作用,本文将研究我国区域专利创新效率差异。为深入系统地分析专利创新效率相关因素,本文设计了专利创新效率综合评价指标体系,运用数据包络分析的方法,采用2000-2005年的数据,对我国30个省市的区域创新效率进行了分析,并在各省区分析的基础上,对我国东中西部地区进行了综合分析。运用多元统计回归的方法对东中西部地区专利创新效率差异形成的影响因素进行了探讨,针对重要影响因素提出了相关对策建议。通过专利创新效率差异的研究得出,我国东部地区专利创新效率最高,中西部地区较低,同时,东部地区与中西部地区的专利创新效率差异在扩大,中部地区的效率低于东部也低于西部,特别是与西部地区的差异也有扩大趋势;通过影响因素的回归分析得出,中西部地区影响因素的回归系数比较接近,与东部地区有一定区别。为提高东中西部地区的专利创新效率,本文提出以下措施,东部地区应提高专利创新资源的边际利用效率,深化专利创新激励机制,推动专利的产业化;中西部地区应培育“产学研”合作机制,加大专利创新资源的投入,争取国家的创新政策和完善法律体系。