创新是地区经济发展的生命线和灵魂，在区域创新体系中，研究型大学应该成为重要支撑环节；成为国家和地区经济发展、社会进步、科技创新的动力源；成为高新科技成果转移和高新科技产业孵化的重要基地；成为国家和地区创新体系中的思想库、知识库、人才库和成果库；成为激发创新思想，传播创新文化，培养创新人才，营造创新环境的中心。目前，我国正在按照研究型和非研究型大学相结合的架构，构建新世纪的国家大学体系，这是更好地衔接研究型大学与国家创新体系、区域创新体系建设的客观需要，是提升我国自主创新能力的需要。本文结合区域创新系统三螺旋模型，研究认为在知识创新中，研究型大学是知识生产的源头，是知识传播的纽带，是知识转移的核心，在人才培养中，具有形成人力资本，形成交流网络，对整个区域的发展产生“知识溢出效应”，参与知识的传播和转移等作用。在三螺旋模型基础上，本文通过建立合作模型，分析探讨了研究型大学在区域创新系统中的作用机理，分析认为由于存在寻找费用，创新主体的合作创新存在明显的区域性，创新主体与区域内其他创新主体合作比与区域外创新主体合作的可能性大。靠近大学的企业获得大学最新技术成果的技术机会要远高于远离大学的企业。创新主体寻找合作伙伴的行为不仅与寻找费用有关，还与所处行业、与某些相近技术相关的组织或领域等因素以及技术创新本身所固有的高风险高回报等特点有关。由此促使合作创新呈现出区域性特征；寻找费用越高合作创新的可能性越小，寻找费用越低合作创新的可能性越大。如果寻找费用过高，合作创新将不会发生。相反，如果寻找费用足够低，合作创新的区域性特征将会自动消失；高回报领域合作的区域远远大于低回报领域合作的区域；降低寻找费用以及发展高回报的高科技等行业有利于合作创新的实现；在一定程度上解释了我国尤其是欠发达地区校企合作创新频率不高的原因。本文还探讨了研究型大学与企业合作创新的主要机理，认为大学与企业合作创新的关系中，普遍存在着一方为委托方另一方为代理方的合作类型。在这一类型的各种合作关系中，大学以智力等优势，企业以财力以及便于实现研发成果商业化等优势进行研究开发的合作最为普遍，构成了大学与企业合作的主旋律。在大学与企业的这类委托-代理合作中，关键特征是企业的利益与大学的行为有密切的关系，但企业不能直接控制大学的行为，甚至对大学工作的监督也有困难，只能通过报酬等间接影响大学的行为。委托人在参与约束和激励相容约束条件下设计一个契约实现自己利益的最大化，而这个契约是双方协商的结果，是一个纳什均衡。在政府与大学的委托—代理关系中，本文说明了在政府与大学的委托-代理关系中，引入适当的鼓励性机制和惩罚机制将有利于提高技术创新活动的效率。