两岸分裂60年後，台湾地区与大陆地区法域在法律体系和法律内容上存在很大差别，随着两岸交流日益增多，法律冲突之发生及增加无可避免。仲裁制度之民间性质，实在是目前解决海峡两岸人民往来经贸纷争之最佳选择。本文研究有关两岸经贸仲裁合作机制，除两岸经贸纠纷及仲裁之现状、两岸经贸仲裁之主要问题、两岸经贸仲裁判断(裁决)相互认可与执行、两岸经贸仲裁合作外；并论及区际法律冲突、仲裁法律性质之理论、值得参考之国际上重要仲裁公约、两岸制度及国际间仲裁公约之比较、当事人意思自主原则、平等互惠原则，及衡平仲裁等重要内容。　　2009年4月26日台湾地区财团法人海峡交流基金会与大陆地区海峡两岸关系协会(下稻两会)就两岸司法互助与联系事宜，经平等协商，达成协议双方同意基於互惠原则，於不违反公共秩序或善良风俗之情况下，认可及执行民事裁判与仲裁判断(仲裁裁决)；至此，两岸从默示之平等互惠进而发展至明示之平等互惠，使两岸经贸仲裁合作机制上确立有效之进展。　　本文认为为尽量避免相同之经贸纠纷事件，如在两岸各该仲裁机构之仲裁判断(裁决)下有歧异之结果，影响当事人间之公平正义，两岸经贸仲裁合作机制有其重要性。两岸仲裁之合作，可从互纳仲裁人做起，两岸开启政治协商之前，在两岸既有基础下，本文建议透过两岸相关主管机关授权，循序渐进，经由两会协定“两岸联合仲裁规则”、在两岸分别设立专门处理两岸经贸纠纷仲裁机构、次由两岸处理经贸纠纷之仲裁机构联合设立专门之仲裁机构、再次成立「两岸常设仲裁法庭」等，才能克竟其功，确立两岸经贸仲裁合作机制。以仲裁之民间性质，两岸互设「准官方机构」都能成立，上揭建议协定应有实现之可能性。两岸仲裁机构之交流，固然密切，并已取得相当程度之成果，但缺乏两岸相关主管机关授权，易流於本位立场，治丝愈棼，沦为空谈，而徒劳无功。