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烟草是我国重要的经济作物,早花对其产量和质量有较大的影响。在植物开花的光周期途径中,CO和FT是两个重要的调控基因。CO基因通过感受外界光条件诱导下游基因FT的表达,从而促进植物开花。云烟85、云烟97和兴烟1号3个烟草品种亲缘相近却有着不同的花期。研究CO和FT的同源基因在云烟85、云烟97和兴烟1号3个近缘品种间的分子差异,有助于揭示三者间的不同花期调控机理,为进一步利用基因工程改良品种提供分子依据。本文设计扩增引物COF和COR以及扩增引物FTF和FTR,从3个品种的基因组DNA中克隆了CO同源基因和FT同源基因,并对其基因序列及相应的氨基酸序列进行同源对比、进化树分析和蛋白保守结构域的分析。得到的主要结果如下：(1)利用14对SSR核心引物通过SSR-PCR鉴定了云烟85、云烟97和兴烟1号3个烟草品种的亲缘关系。(2)利用PCR技术从3个品种的基因组DNA中克隆了三者的CO同源基因和FT同源基因,并分别命名为Yunyan85 CO、Yuanyan97 COa、Yunyan97 COb、 Yuanyan97 COc、Xingyan No.1COa和Xingyan No.1COb,其中除了Yunyan85 CO基因大小为1534bp外,其他5个基因大小均1531bp；将3个品种FT同源基因分别命名为Yunyan85 FTa、Yunyan85 FTb、Yuanyan97 Fa、Yunyan97 FTb、Xingyan No.1 FTa、Xingyan No.1 FTb和Xingyan No.1 FTc,除Yuanyan97 FTa基因大小为1407外,其他6个基因大小均为1409bp。(3)通过分析克隆所得的3个品种的CO同源基因和FT同源基因,依据NCBI数据库相应基因的编码序列——-NtCO基因(GenBank ID:JQ686941)以及N.tomentosiformis FTl基因(GenBank ID:KC485968),鉴定它们的内含子和外显子,并推导出对应的氨基酸序列。推导出的氨基酸序列的同源比对显示,Yunyan85∞基因对应的氨基酸与其他2个品种CD同源基因对应氨基酸相比,出现了18处氨基酸突变。Yuanyan97 COa和Yunyan97 COb基因对应的氨基酸与其他基因对应氨基酸相比,出现了3处氨基酸突变。XingyanNo.1 COa基因对应的氨基酸与其他基因对应氨基酸相比,出现了3处氨基酸突变。Yuanyan97 COc基因对应的氨基酸与其他基因对应氨基酸相比,出现了1处氨基酸突变。Xingyan No.1FTa基因对应的氨基酸与其他2个品种FT同源基因对应氨基酸相比,出现了2处氨基酸突变。(4)用NCBI中CD-search (Conserved Domains search)分析3个品种CD同源基因、FT同源基因对应的氨基酸序列发现：3个品种的CD同源基因对应的氨基酸序列在氨基端有2个BBOX,在羧基端有1个CCT; FT同源基因对应的氨基酸序列均有FT基因家族共有的PEPB同源结构。(5)将克隆出的基因所对应的氨基酸序列用MEGA6软件Neighbor-Joining的算法进行进化树分析发现,在克隆到的CO同源基因中Yunyan85 CO与其他CD基因的亲缘关系相对较远；在克隆到的FT同源基因中Xingyan No.l FTa与其他FT基因亲缘关系相对较远。