嗜盐古生菌温和病毒SNJ2复制机制的初步研究

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SNJ2是嗜盐古生菌Natrinema sp.J7-1中一株温和性包膜病毒,属于多形性病毒科,Betapleolipovirus属,SNJ2病毒基因组编码25个预测ORFs,基因组大小16992 bp。SNJ2的前病毒整合在宿主基因组tRNAMet基因3’末端,整合位点为14 bp的正向重复序列,其自身编码的位点特异性重组系统既可介导进入裂解循环时前病毒从染色体上的切离和环化,也可使感染宿主细胞的环状病毒基因组重新整合到宿主染色体上,形成溶源化状态。SNJ2以何种方式进行复制尚不清楚,本论文以此为基础探索SNJ2基因组在宿主细胞内的复制机制。首先,构建了含有SNJ2基因组全长的E.coli-Natrinema sp.J7-1穿梭载体pFSNJ2。我们将pFSNJ2嗜盐转化至J7-3-F菌株后,从传第三代的J7-3-F/pFSNJ2菌株中提取质粒转化至大肠杆菌,多次重复仅挑取到一个转化子。提取该转化子的质粒,酶切后的片段大小相较于酶切初始构建的pFSNJ2有所缩短,说明pFSNJ2即使能在J7-3-F中以游离形式复制,也并不稳定。进一步检测pFSNJ2在J7-3-F中的存在形式,发现在J7-3-F/pFSNJ2传代的培养物中检测到重组产物接头attBOP,说明pFSNJ2整合至宿主染色体上,用MMC对该菌株进行诱导,在上清液和细胞沉淀中未检测到病毒从宿主基因组切离后形成的环化接头attP’OP,推测整合在宿主染色体上的pFSNJ2影响了切离反应,也可能pFSNJ2不能以质粒形式进行复制。实验室前期工作已证实SNJ2上orf1编码的整合酶是负责前病毒特异性切离、整合的关键因子。因此,我们利用整合酶的特性探索SNJ2是否能游离于宿主染色体外进行复制。在缺陷型菌株J7-1-FΔorf1::pyrF中导入单独表达orf1的质粒后进行MMC诱导,收获缺陷型病毒SNJ2Δorf1::pyrF侵染J7-3-F。和预期一样,检测不到attBOP和attP’OP,这是因为该缺陷病毒没有整合酶编码基因,因此无法整合到染色体上,但我们始终未能挑取到稳定携带SNJ2Δorf1::pyrF的宿主菌株,说明该缺陷病毒的游离基因组在宿主细胞中非常不稳定,传代易丢失,极有可能不能以游离形式完成自我复制。作为对照,用SNJ2Δorf1::pyrF侵染整合酶回补株J7-3-F/pYCJ-2300,在侵染株中能检测到attBOP和attP’OP,说明在J7-3-F内表达整合酶后,SNJ2Δorf1::pyrF可以整合至宿主染色体上,也可以从宿主染色体上切离。综合以上结果表明缺陷型病毒SNJ2Δorf1::pyrF可以吸附并注入宿主J7-3-F中,但其因缺乏整合酶不能整合至宿主基因组上,SNJ2Δorf1::pyrF传代中易丢失,推测其不能以游离形式完成自我复制,暗示SNJ2基因组通过整合至宿主染色体上才能复制。已知正常生长的J7-1中,SNJ2以较低程度复制释放病毒颗粒,经MMC处理后,SNJ2进入裂解循环可大量复制释放病毒颗粒。为了解J7-1经MMC诱导后SNJ2在细胞内大量复制的时间,我们通过Q-PCR对J7-1经MMC诱导前后每个细胞内SNJ2的拷贝数进行了测定。结果显示,J7-1在未诱导时,SNJ2基因组主要以整合状态存在,MMC诱导后,细胞内游离的SNJ2基因组在4 h开始大量增加,推测SNJ2基因组大量复制的时间是J7-1经诱导后4 h,J7-1经MMC诱导后8 h,attBOP
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