在有瓣蝇类中，蝇科占有重要地位。我们选取了线粒体基因细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(CoⅠ)、Ⅱ(COⅡ)作为分子标记，通过克隆、测序分析蝇科中28个种的COⅠ、COⅡ基因。这些蝇类主要采集于珠江三角洲地区，隶属家蝇亚科(Muscinae)、螫蝇亚科(Stomoxyinae)、点蝇亚科(Azeliinae)、邻家蝇亚科(Reinwardtiinae)、芒蝇亚科(Atherigoniae)、圆蝇亚科(Mydaeinae)、秽蝇亚科(Coenosiinae)。以丽蝇科中的大头金蝇(Chrysomyia megacephala)、丝光绿蝇(Lucilia sericata)作为外群，并采用目前常用的邻接法(．neighbor-ioining NJ)、最大简约法(maximum parsimony MP)、最大似然法(maximum likelihood ML)三种方法构建系统发生树，探讨蝇科中各分类阶元之间的系统关系。 三种方法构建的系统发生树，结果大多支持范滋德的传统亚科分类系统，但单个COⅡ基因并不太适合用于分析亚科之间的系统关系。COⅠ和COⅡ联合数据得到最好结果，其中用ML法对联合数据构建的系统发生树最为理想。各亚科之间的系统关系为(((((家蝇亚科、螫蝇亚科)、点蝇亚科)、邻家蝇亚科)、芒蝇亚科)、(圆蝇亚科、秽蝇亚科))。 无论是单个基因还是两个基因联合分析，东方溜蝇(Lispe orientalis)总是与圆蝇亚科的种类聚类在一起，证实这个类群之间亲缘关系最近，但是却不支持将这个类群分为秽蝇亚科、圆蝇亚科两个亚科。 传统分类上，裸芒综蝇(Synthesiomyia nudiseta)本该与腐蝇属(Muscina)种类聚类在邻家蝇亚科中，ML法建的系统树结果强烈支持这一点。但是单独使用(XOⅠ基因，甚至是联合数据(MP法)构建系统发生树时，裸芒综蝇总是与点蝇亚科中的黑蝇属(Ophyra)种类聚类。根据进化历史看，推测这是环境压力所造成。笔者认为裸芒综蝇依旧与腐蝇属种类归类在邻家蝇亚科更为合理。所有结果均显示，家蝇属(Musca)种类都能聚类在一起，支持家蝇属在进化上是一个单系。其中市蝇(Musca．sorbens)和孕幼家蝇(Musca．larvipara)互为姊妹群，逐畜家蝇(Musca．conducens)和亚洲家蝇(Musca．asiatica)互为姊妹群。