开始于20世纪80年代的农村经济体制改革,为我国农村经济注入了活力,同时也使我国农村改革的直接受益者在民主政治建设的进程中迈出了具有深刻意义的一步,即,给当代中国农民带来了拥有管理自主权的村民自治。但是当前我们也要看到,存在于我国农村中的乡镇政府管理与村民自治之间的问题是新农村建设中的一个突出问题,具体表现为乡镇政府管理与村民自治之间的关系问题,以及二者之间如何进行有机结合的问题,究其原因主要在于乡镇政府管理与村民自治二者各自的职能范围相互交叉重叠、不明确及二者之间的协调和有机结合没有具体的法律、制度规定及所造成。本文通过文献分析与实证分析相结合的方法对乡镇政府管理与村民自治之间的理论关系以及二者现行的法律关系进行解读,找到二者关系在实践中存在的困境与偏差以及造成诸多矛盾与问题的原因,并在二者如何有机结合的问题上,将理论与实践相结合具体阐述二者各自应有的职能范围、乡镇政府指导、帮助村民自治的方式,并就合理构建乡镇政府、乡镇党委、村党支部、村民委员会之间的关系提出一些可行性的意见,针对如何保障村民自治权的问题,应相应地健全村民自治组织体制及建立村民自治与乡镇政府管理二者关系冲突的纠纷解决机制等。