传统组织理论将矩阵组织定义为多元指挥系统与多元指挥结构。本文论证了，矩阵组织多元指挥结构由职能式组织结构与项目式组织结构进行结构集成而形成，矩阵组织多元指挥结构将引发组织管理的混乱，使组织陷入困境，是一种低效率的组织结构。基于此，本文否定了矩阵组织多元指挥结构，并试图建立一种统一指挥的矩阵组织结构。在这个过程中，笔者运用马克思主义、化学科学、系统科学、组织理论等领域的基本原理和方法，对组织结构、组织结构要素以及组织重构的复杂性进行了研究。通过研究组织结构以及“组织结构的系统悖论”，本文得出：组织结构是二重性结构，是权力层级结构与相互协作结构的对立统一。通过研究组织结构要素以及“法约尔天桥悖论”，本文认为：组织结构要素是人、物、信息，人流、物流、信息流在组织结构中各有各的位置，这三者之间是辩证统一的关系。通过研究“项目矩阵组织重构悖论”，本文得到“结构、过程和功能”的辩证统一关系。最后，本文以动态、过程的观点对矩阵组织进行重构，提出“组织活动过程时钟图”、“新项目矩阵组织统一指挥图”，给出新项目矩阵组织定义：新项目矩阵组织是联合作战指挥组织。