现代物流是一个新兴的复合型服务产业,不仅涉及公路、水路、铁路、航空等多种运输方式,还包括仓储、装卸搬运、保管、货运代理、保险和信息等多个环节。物流行业是我国国民经济的重要支撑,是调整结构的重要手段,是提高效益的重要途径,同时作为劳动密集型产业也将作为吸纳就业的重要渠道。加强对物流行业的税收征管,不仅可以促进物流企业进一步做大、做强,更能在企业利润增长的同时,税收收入也相应增加。本文从税务机关的角度分析了物流企业在经营过程中所面临的问题,诸如：税收制度设计上存在缺陷,导致物流行业整体税负偏重,盈利水平较低；国家税务总局在制定政策时没有明确规定适用企业的范围；税收征管手段相对落后；企业可根据现行营业税政策进行税收筹划；与货运发票有关的违法行为。税务机关要更新观念,创新管理模式,研究符合物流业发展规律的政策；利用增值税“扩围”的机会,将物流行业纳入增值税征收范围,修复抵扣链条,真正做到税负公平；统一物流行业内的各种票据,推行使用“物流业专用发票”,研究开发电子发票,杜绝发票违法行为的发生。