Lactobacillus kefiranofaciens广泛存在于发酵乳制品中,且具有重要的应用价值。2020年该菌种已被我国新增为可在食品中添加的新资源,但该菌种在基因组学方面的研究匮乏,因此,解析其基因组特征和进化历程对菌株的开发利用具有重要意义。本研究采用Illumina Novaseq高通量测序平台完成了分离自酸马奶和酸牛奶的73株Lactobacillus kefiranofaciens全基因的测序,并结合NCBI数据库中仅有的9株菌的全基因序列,进行比较基因组学分析,解析该菌种的基因组特征,分析不同分离源菌株之间的差异,为Lactobacillus kefiranofaciens优良菌株的筛选提供数据支持。主要研究结果如下:（1）18份鲜马奶和酸马奶共分离得到284株乳酸菌,酸马奶中Lactobacillus helveticus和Lactobacillus kefiranofaciens是优势菌种,分别占比为64.8%和21.9%。而鲜马奶中Lactobacillus helveticus、Lactococcus lactis和Leuconostoc mesenteroides相对含量较高,分别占比29.8%、22.8%和31.6%,表明鲜马奶和酸马奶在菌群组成上存在一定的差异。（2）获得73株Lactobacillus kefiranofaciens全基因组序列,基于看家基因（rpo A和phe S）及ANI值进行分类学地位的判定,结合核心基因构建的系统发育树确定所有菌株的分类学地位及进化关系。ANI值显示该菌种同源性较高,基于16S r RNA基因序列和看家基因序列分析的灵敏度和分辨率较低,基于核心基因分析后分辨率提高,但大部分菌株未能确定亚种的归属,推测该菌株之前的亚种分类学地位可能存在问题。（3）Lactobacillus kefiranofaciens是一个开放的基因组,共有核心基因1045个,泛基因7189个,该菌种的多样性较高。基因组大小平均为2.05±0.10 Mb,GC含量平均为37.49±0.16%,预测基因数量平均为2153±105个,功能基因预测显示碳水化合物代谢、生命活动及信息储存等相关基因占比较大。（4）Lactobacillus kefiranofaciens遗传进化具有分离源相关性。开菲尔分离株与酸牛奶及酸马奶分离株存在显著差异,而酸马奶和酸牛奶分离株差异则不明显。主要差异体现在预测基因数量、核心基因及特异基因功能注释、碳水化合物活性酶利用和细菌素预测等方面。菌种基因组功能预测显示,开菲尔分离株在氨基酸代谢、防御机制和细胞复制、重组、修复等方面基因数量显著高于其他分离源;不同分离源菌株核心基因功能分布占比存在差异,特异基因差异体现在氨基酸代谢、各类单糖特异性运输及CRISPR-Cas防御机制等方面;碳水化合物活性酶GH42、GH31、GH36和AA4等数量差异显著,同时开菲尔分离株显示出更好的利用植物性基质发酵的能力;开菲尔分离株包含的细菌素种类少于酸牛奶及酸马奶分离株,Helveticin J和Lanthipeptide class I在开菲尔分离株中未预测到。