财务报告审计意见一直备受外界关注,是投资者及债权人等广大利益相关者作出决策和判断的重要依据。上市公司收到财务报告非标审计意见不仅会打击投资者的信心,还会引起监管者的关注,给公司带来严重的负面影响。因此,如何收到较好的财务报告审计意见类型,是上市公司亟待解决的问题。2012年起,随着我国沪深两市上市公司开始强制实施内部控制规范体系,内部控制缺陷的披露犹如一盏明灯,为学者们研究上市公司内部控制问题提供了更加丰富的信息。本文从内部控制缺陷出发,围绕“内部控制缺陷对财务报告审计意见的影响”这一问题,集中研究了内部控制缺陷对财务报告审计意见中的非标审计意见的影响。首先,在回顾国内外相关文献后,结合相关理论对本文的影响机理进行分析,为下文更深层次的研究作出铺垫。其次,以我国2012年至2014年沪深两市A股上市公司为研究对象,从实证的角度进行了两方面的检验,一是检验内部控制缺陷与财务报告非标审计意见的相关性,二是检验内部控制缺陷程度与财务报告非标审计意见类型的相关性,研究结果表明：内部控制缺陷与财务报告非标审计意见呈显著正相关关系；内部控制重大缺陷与财务报告非标审计意见的所有类型呈显著正相关关系；内部控制重要缺陷与带强调事项段的无保留意见和保留意见呈显著正相关关系；内部控制一般缺陷与财务报告非标审计意见的所有类型不具有显著相关性。再次,通过研究具有代表性的WJ案例公司,进一步解读了内部控制缺陷对财务报告审计意见的影响并进行反思,为帮助上市公司改善内部控制,收到更好的财务报告审计意见类型,具有一定的现实指导意义。最后,对全文进行总结,得出本文的研究结论,并提出相关建议。