发酵蔬菜作为蔬菜的一种重要加工方式,是一种复杂微生物参与发酵的传统食品。利用PCR-DGGE免培养技术研究传统发酵食品中的微生物多样性,能够获得群落中优势类群信息,为采用纯培养技术工业化生产发酵蔬菜制品提供科学依据。本文从四川地区采集家庭制作泡菜样品20个,工厂生产腌制菜7个(南充冬菜样品4个、宜宾芽菜3个),以样品中的基因组DNA作为模板,分别对细菌的16S rDNA V3区域和真菌ITS区域进行扩增,将PCR产物用变性梯度凝胶电泳(DGGE)进行分析。通过对DGGE图谱的统计分析和克隆测序,构建进化树系统研究四川地区发酵蔬菜中的微生物群落结构。家庭制作泡菜DGGE指纹图谱表明,供试样品在DGGE图谱中电泳条带数目、强度和迁移率均存在一定程度的差异,分别显示了细菌和真菌的多样性。每个泳道中条带的亮度反映出细菌和真菌相对生物量的多少,电泳条带的多少可以直观地反映样品中细菌和真菌群落的遗传多样性。泡菜中的细菌种类比较丰富,真菌在泡菜中相对较少。通过克隆测序后,细菌共成功测序25条,真菌共成功测序10条。细菌所有序列与数据库中16S rDNA序列的相似率在98%-100%之问,乳杆菌(Lactobacillus)和非培养细菌为泡菜发酵中的优势菌群。另外还有小片球菌(Pediococcus)和乳球菌(Lactococcus),但所占比例都较小,某些样品中还存在假单胞杆菌(Pseudomonas)。真菌的10条序列与GenBank中序列的最大相似度都在97%以上。季也蒙假丝酵母(Meyerozyma guilliermondii)在泡菜真菌发酵中占有主要地位,几乎存在于所有的样品中。另外奥默柯达酵母菌(Kodamaea ohmeri)3株,汉逊德巴利酵母(Debaryomyces hansenii)2株。除此外,样品中还存在曲霉菌(Aspergillus)、热带假丝酵母菌(Candida tropicalis)和非培养的真菌,但其数量较少。本文首次应用PCR-DGGE技术对宜宾芽菜和南充冬菜中的细菌和真菌多样性进行了研究。两种腌制菜中的优势细菌菌群都是乳杆菌(Lactobacillus),其中芽菜中乳杆菌占总数的50%,冬菜中占54%。3个芽菜样品中共成功测序得到12条细菌序列,其中6条为乳杆菌,5条为非培养细菌。乳杆菌在芽菜发酵中占有主导地位。4个冬菜样品中则得到了13条细菌序列,其中乳杆菌7条,非培养细菌5条,乳杆菌占了54%。两种样品中存在着大量相同的类群,说明在两种发酵蔬菜中发挥作用的菌比较相似。另外在两中腌制菜中的个别样品中发现了假单胞杆菌(Pseudomonas)的存在。真菌成功测序得到8条序列。其中6条序列经比对为非培养的真菌,两条为汉逊德巴利酵母(Debaryomyces hansenii)。非培养的真菌在芽菜和冬菜发酵中占有主要的地位。3个芽菜样品中,加糖发酵芽菜中的微生物多样性明显低于其它两个样品。而在4个冬菜样品中,液体样品要比固体样品中微生物群落更具多样性,发酵3个月冬菜中的微生物多样性高于发酵3年的样品。综上所述,PCR-DGGE技术能较真实地反映出三种发酵蔬菜中的微生物群落结构,具有较好的微生物多样性,且其中所含的细菌种类要明显多于真菌。鉴别出了三种发酵蔬菜中的主要菌群,可以进一步地指导分离优良菌种,为实现发酵蔬菜产业化奠定基础。