高等学校的科学研究在我国占有重要地位，是我国科技创新的重要组成部分。高校在科研经费管理方面的问题突出，部分高校科研经费内部控制建设方面存在很大缺陷，导致科研经费使用过程中违法违规现象频发，甚至出现科研腐败案件。作为高校重要职能之一的科学研究工作，属于高校内部运行的重要组成部分，其运行应当符合内部控制管理的要求。　　本文以内部控制为视角，以COSO委员会对内部控制的诠释为基础，结合我国《内部控制基本规范》及其配套指引，以S省高校科研经费管理实践为研究对象，通过搜集S省高校在科研经费管理实践方面的相关资料和数据，借鉴国内外专家学者对科研经费管理的研究经验，对S省高校科研经费的管理现状进行分析，并结合内部控制理论在公司治理上的应用，对我国科研经费管理体制进行深度剖析，总结出改进我国科研经费管理体制的对策和建议，以期完善我国科研经费管理体制，保障国家科研资金的安全，提高科研经费的使用效率和效益，促进科技创新更好更快的发展。　　本文从内部控制五要素的角度对科研经费管理问题进行了全面梳理，发现问题，提出对策，以期对我国科研经费管理的改进有所裨益。作为一篇探讨研究性论文，本人提出的问题和得出的对策，有其独创性，即使不能为完善我国科研经费管理做出贡献，也希望能给后来的研究者一些小小的启发。