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蛋白质是生命体的重要组成物质之一。蛋白质的空间结构常常表现出惊人的对称性。本文在HP格子模型的基础上建立了真实蛋白质疏水性序列的分析方法，对蛋白质二级序列及其对称性进行了定义，并以此对蛋白质三级结构对称性及其一级序列对称性的关系进行了分析。结果表明：蛋白质一级序列通过疏水模式刻画了三级空间结构的信息；蛋白质一级疏水序列的对称性导致了三级空间结构的对称性；序列对称性是蛋白质结构对称性的必要但不充分条件；二级序列对称性反映了蛋白质结构的二维平面轴对称特性，蛋白质结构的对称群是二级序列对称群的一个子群。