表观遗传学的出现丰富了传统遗传学的知识，加强对遗传信息的理解。基因表达调控是一个十分复杂的过程，除了自身DNA序列调控之外还受到很多表观遗传修饰的调控作用。基于表观遗传学的作用越来越重要，许多技术被用来研究表观遗传学。组蛋白修饰是表观遗传学中重要的组成部分，对组蛋白的功能研究具有重要作用。　　蛋白质与DNA相互作用、染色体修饰在基因调控中发挥关键作用，免疫染色质沉淀和下一代测序（ChIP-seq）已经用于很多细胞系和组织类型的全基因组表观遗传学中组蛋白标记和转录因子的分布及功能分析。染色质免疫沉淀(CHIP)的灵敏度是影响低丰度细胞表观遗传学研究的主要因素。在一些细胞获取量少的生物学过程中，如早期胚胎发育学过程，常规的ChIP-seq方法无法用来研究组蛋白修饰或者转录因子-DNA相互作用。因此，我们有必要建立一套微量ChIP-seq实验方法，来降低细胞的起始数目的同时保证获取的数据质量可靠有保障，基因组覆盖度高。　　本课题的主旨是改进和优化常规ChIP-seq实验方法，主要通过简化实验步骤、优化ChIPDNA纯化方法等方面减少实验过程中DNA损失，从而降低ChIP-seq所需的初始细胞量建立微量ChIP-seq的实验体系。利用小鼠早期的二细胞和囊胚期胚胎为实验材料进行实验条件摸索，最终获得了在这两个时期稳定、可靠的H3K4me3修饰的高精度分布图谱。通过对比已经发表实验室的数据证明我们的方法有效性，这为后期研究组蛋白修饰在其细胞获取量少的生物学过程中的作用奠定了基础。我们简单的分析了小鼠胚胎发育过程中早期二细胞和囊胚期的H3K4me3修饰的分布和特性，有助于简单的了解组蛋白修饰在早期胚胎过程中的功能。