第三方支付的出现为电子商务提供了巨大的推动力，网上第三方支付成为网络交易不可或缺的工具。如果对网上购物第三方支付中产生的法律问题不予解决，势必会影响第三方支付行业的发展，甚至影响到整个电子商务市场的稳定秩序。网上第三方支付与银行业务的相似性使一些学者对其主体资格的合法性产生了质疑，笔者首先通过比较分析正反双方观点，肯定网上第三方支付的主体资格合法性。如果法律关系性质不明确，则无法确定其适用的法律规范，也无法明确责任的承担，网上第三方支付在其运行过程中涉及到复杂的法律关系，本文通过比较国内学者的不同观点，以及国外的相关规定，认为国外将网上购物第三方支付的法律关系性质认定为托付法律关系比较合适，但是结合我国目前的现状，没有将这一关系进行特别的定性，只能根据已有的法律进行规范，因此笔者建议依据涉及到的法律行为将其法律关系分解为委托代理关系与保管关系两种。本文在第三部分分析了网上购物第三方支付的资金安全问题，其中涉及到沉淀资金及其利息的权属问题、违法挪用沉淀资金的问题、侵害资金支付安全的法律责任等问题，在第四部分对网上购物第三方支付的相关法律制度进行了探讨，包括准入与退出机制、资金安全管理制度等问题，并提出了完善建议。