本文以44家上市环保企业2013-2017年的数据为依据进行实证分析。将创新投入（研发投入金额）和创新收益（环保业务收入）共同作为衡量企业技术创新能力的变量,以所得税税负和流转税税负为自变量,分析税负对环保企业技术创新能力的影响效应。实证结论为:所得税税负与研发投入金额之间具有显著的负相关关系,而流转税税负对研发投入的抑制作用并不显著。同时,实证部分在将研发投入作为中间变量后,分析税负直接对环保业务收入的影响效应以及税负通过研发投入对环保业务收入的影响效应,结果显示,所得税税负与环保业务收入之间存在显著的负相关关系,且税负通过研发投入对环保业务收入的影响也是显著为负,但流转税税负与环保业务收入之间的负相关关系显著性水平不高。因此,税收负担会抑制环保企业的技术创新能力,并且不同的税制结构对技术创新能力的抑制作用存在差异。当将样本企业划分为大气污染治理企业、水污染治理企业、固体废物处理企业三个类别后,研究发现水污染治理企业的税负对技术创新能力的抑制作用显著强于大气污染治理企业和固体废物处理企业。基于上述结论,建议我国应完善环保企业各环节和各类设备产品的税收政策,丰富所得税优惠政策的形式,并根据不同类型环保企业的业务性质和创新重点制定差异化的税收政策,以激励环保企业提高技术创新能力。