珠江三角洲作为我国经济先发地区，近三十年的发展十分迅速。然而生态环境却在持续恶化，虽然大江大河的水质仍可达到要求，但是城市河段水质污染依然严重，受污染的河长、径流量仍呈增长趋势，交接断面的污染纠纷不断；区域的自然生态系统破碎，生态赤字严重；大气环境则持续恶化，释碳量增长迅速，并有越演越烈的趋势。污染的负外部性，以及生态林的正外部性无法通过常规的行政手段来实现，保护生态环境与社会发展之间的矛盾越来越突出。如何将这些环境问题的外部性内化，将是珠江三角洲的环保管理工作亟需解决的问题。　　 本文首先分析了珠三角实施生态补偿的必要性和可行性。通过一些具体的实例，归纳了珠三角牛态环境日益恶化的现状；分析现阶段政府的环境管理体系的缺陷，指出该体系并不能完全解决因生态环境破坏而引发的地方政府之间，人与自然之间的矛盾；而生态补偿可以使自然资源实现其经济价值，正是解决这些矛盾有效工具。珠三角过往曾零星的实施过生态补偿政策，但由于对生态资源价格化疑虑重重且难以操作，最终效果都是差强人意。通过对比国内外的实践经验，表明珠三角的生态补偿可以在流域牛态补偿和碳排放交易两方面来入手。对于流域生态补偿，必须强调各级地方政府之间的横向支付，以削减污染物的边际成本来确定污染物的生态补偿价格，以交接断面污染物排放的增减确定地方政府所需支付的金额；而对于维持区域内碳平衡，建议参照CDM机制建立碳排放的买卖市场，承认生态林的固碳价值，让地方政府更多地承担二氧化碳的削减任务。最后提出一系列的生态补偿配套制度，使得生态补偿更加有效、可行。