随着现代社会工业进程的加快，环境问题不断滋生，运用刑事手段惩治环境犯罪十分必要和紧迫。由于环境犯罪因果关系区别于其他普通刑事犯罪的特殊性，环境犯罪的刑事责任认定在学术上和实践中都出现了困难。若在环境犯罪中运用传统的刑法因果关系理论，由于因果关系不能认定，大量的环境犯罪总是难以得到法律的惩治，受害者的合法权益也不得维护，因而在环境犯罪因果关系认定中运用推定的方法是一种趋势和发展方向。笔者通过本文对环境犯罪中因果关系推定的适用进行了分析和探讨。环境犯罪因果关系存在其自身的特殊性，包括危害行为在价值判断上的双重性、危害结果产生的多因性和复杂性、危害结果出现的延时性以及因果关系认定知识的专业性。无论条件说、原因说还是相当因果关系说，这些传统的因果关系理论在因果关系认定时多采用由因至果的思路，而这种思路运用在环境犯罪因果关系认定中非常困难。在环境犯罪中适用因果关系推定的直接目的就是为了保护人民群众的根本利益、保护环境权益免受环境犯罪的侵害，另外,运用推定的方法认定环境犯罪的因果关系，也是维护法律尊严及预防犯罪发生的必然选择。出于以上因素，能够得出这样一个结论，即在环境犯罪中引入因果关系推定具有绝对的必要性。因果关系推定的主要理论包括以疫学因果关系理论和间接反证理论为代表的多种理论，并且各有其优势与不足之处。如果要在环境犯罪中适用因果关系推定的方法，就必须对其设置一些具体的限制。贯彻必要性、公平性和合理性的原则是正确运用因果关系推定的根本保证，在污染型环境犯罪和环境犯罪的结果犯中适用因果关系推定是对其适用范围的一种必要限制，同时适用因果关系推定还应该遵照查明案件事实、保证科学方法、允许被告人反证的具体规则；最后，笔者要通过介绍湖南省郴州市苏仙区砷污染事故案和云南澄江锦业工贸有限责任公司重大环境污染事故案的案情，展示因果关系推定在案件中的具体适用和体现，概括评价因果关系推定在惩治环境犯罪实践中应该达到的标准和程度，以指导司法实践中环境污染案件的因果关系认定。至此，笔者希望能够完成本文的写作目的，通过对环境犯罪因果关系问题的研究，为我国环境问题的改善起到一定的推动作用。