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茎点霉属(Phoma)真菌是一类重要的植物病原菌,分布广泛且具有丰富的多样性,主要引起植物叶片及茎杆上的病斑,可导致作物产量严重损失,其中一些物种还具有检疫重要性。茎点霉属与壳二孢属(Ascochyta)真菌在形态、生理、致病性和分子序列上都高度相似,二者关系一直未理清。亚隔孢壳属(Didymella)是唯一与茎点霉属和壳二孢属真菌正确关联的有性型属,而对该属的研究仍较少。2009年新建立的亚隔孢壳科(Didymellaceae)将这三个属容纳其中,还包括其他相关的物种,而大多数物种的分类地位尚未清楚,种属划分未明确,因此亚隔孢壳科物种的分类系统亟待完善。随着分子系统学研究方法的引入和发展,结合传统形态学分类,使物种种属的划分更趋于自然,所建立的分类系统更加稳定可靠。本研究通过标本采集和国际合作获得亚隔孢壳科及相关类群真菌菌株共297株,通过多位点(LSU, ITS, tub2, rpb2)联合分析推测系统发育关系,同时进行形态学比较研究,结合表型与基因型,探讨亚隔孢壳科真菌的系统分类,得到清晰划分的17个属,以及1个与亚隔孢壳科物种明显区分开的新科。建立了9个新属,分别为Allophoma Q. Chen & L. Cai, Calophoma Q. Chen & L. Cai, Heterophoma Q. Chen & L. Cai, Neoascochyta Q. Chen & L. Cai, Neodidymelliopsis Q. Chen & L. Cai, Nothophoma Q. Chen & L. Cai, Paraboeremia Q. Chen & L. Cai, Phomatodes Q. Chen & L. Cai和Xenodidymella Q. Chen & L. Cai; 5个新种,包括Allophoma nicaraguensis Q. Chen & L. Cai, Phoma odoratissimi Q. Chen, Phoma neerlandica Q. Chen & L. Cai, Phoma segeticola Q. Chen和Stagonosporopsis helianthi Q. Chen & L. Cai。引入2个新名称,Ascochyta medicaginicola var. medicaginicola Q. Chen & L. Cai和Didymella senecionicola Q. Chen & L. Cai;以及Allophoma labilis (Sacc.) Q. Chen & L. Cai,All. minor (Aveskamp et al.) Q. Chen & L. Cai, All. piperis (Tassi) Q. Chen & L. Cai等84个新组合。另外,在对模式标本和原始描述的查阅、检查基础之上,根据产地、寄主、形态特征相符合的原则,为11个物种指定了注释模式(epitype),包括Ascochyta hordei var. europaea Punith., Ascochyta pisi Lib., Didymella asphodeli E. Mull., Didymosphaeria applanata Niessl, Phoma anigozanthi Tassi, Phoma dennisii Boerema, Phoma polemonii Cooke, Phyllosticta noackiana Allesch., Phyllosticta piperis Tassi, Sclerophomella aubrietiae Moesz和Sphaeria pinodes Berk. & A. Bloxam;为7个物种指定了新模式(neotype),包括Ascochyta desmazieri Cav., Phoma heteromorpha Schulzer & Sacc., Phoma protuberans Lev., Phoma strasseri Moesz, Phoma sylvatica Sacc., Phoma xanthina Sacc.和Phyllosticta selaginellae Sacc.。根据对亚隔孢壳科分类系统的研究结果,将Ascochyta, Didymella和Phoma三个属的关系理清,并对每个属进行了清晰的界定。同时,还对Ascochyta, Didymella, Epicoccum和Phoma四个属的属征进行了补充和修订。另外将原属于Didymellaceae的Microsphaeropsis属建立了新科Microsphaeropsidaceae。