猪背最长肌差异表达基因的克隆鉴定及其特征分析

来源 :华中农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:tshanyf
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骨骼肌是动物体内最丰富的组织,占肉用动物体重的45%~60%,其生长发育是肉用家畜最重要的性状之一。不同猪种由于来源、长期所处的地理环境以及所接受的饲养方式和选育性状重点的不同,从而形成了各自的种质特性,使其在肌肉相关性状方面存在较大的差异。两个具有不同性状的亲本杂交产生的杂种在肌肉生长、肌肉品质等方面也往往超过其双亲,产生杂种优势的现象。随着人们对基因结构和功能的研究深入,人们已经认识到这些差异及杂种优势现象应是基因差异表达的结果。所以本研究以猪背最长肌为材料,利用抑制消减杂交技术构建了不同猪种(长白与梅山)以及猪杂交亲代与子代(大白与长大)背最长肌间的正反向消减cDNA文库,进行了差异表达基因的筛选、克隆和鉴定,取得了如下结果: 1.以管家基因G3PDH作为消减指标,对每个消减文库的消减效率进行了检测,结果表明4个消减文库的消减效率都达25倍以上,有的甚至高达210倍,这同时也表明了某些特异于两种肌肉组织的差异表达基因的富集效率也达25倍以上,说明所构建的消减cDNA文库质量很好。 2.从以梅山猪为Tester、长白猪为Driver和以杂交母本大白猪为Tester、杂种F1长大猪为Driver的消减cDNA文库中我们分别随机挑取了800多个克隆。利用PCR技术进行鉴定,分别获得了759和773个有效阳性克隆,插入片段长度主要分布于150~750bp之间。 3.利用正向消减cDNA、反向未消减cDNA、反向消减cDNA作探针对两消减cDNA文库中的阳性克隆进行了高通量筛选。在以梅山猪为Tester、长白猪为Driver的消减cDNA文库中,我们选取了27个差异表达克隆进行分析,发现共代表14个ESTs,4个在猪中为已知基因,10个在猪中为未知基因,其中7个与人等其他物种的基因有高同源性,3个未找到明显的同源性。在以杂交母本大白猪为Tester、杂种F1长大猪为Driver的消减cDNA文库中,我们选取了24个差异克隆进行分析,发现共代表12个ESTs,5个在猪中为已知基因,7个在猪中为未知基因,但分别与人等其他物种的基因有高的同源性。并利用含内标化的半定量RT-PCR技术进行了验证,结果表明大部分为差异表达。 4.将电脑克隆和SMART技术相结合,成功克隆了7个差异表达全长基因:(1)CCNG1,GenBank登录号为AY974246,cDNA全长2359bp,ORF为888bp;(2)EEF1A,cDNA全长1777bp,ORF为1389bp;(3) ETFB-like,cDNA全长898bp,ORF为765bp;(4) HUMMLC2B,GenBank登录号为AY754870,cDNA全长681bp,ORF为510 bp;(5) PGK1,GenBank登录号为AY677198,cDNA全长1789bp,ORF为1254bp;(6) TXNIP,cDNA全长1880 bp,ORF为1176 bp;(7) CKM,
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