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黄酒麦曲是黄酒酿造的关键，其质量的好坏直接影响着黄酒的出酒率和品质。目前国内外关于黄酒麦曲微生物群落结构方面的研究还比较少。本研究基于传统微生物分离培养技术和以分子生物学为基础的聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳（PCR-DGGE）技术，比较全面准确地剖析了绍兴黄酒机制曲、手工曲和熟麦曲中的微生物群落结构。为准确阐述麦曲在黄酒发酵过程中的作用以及指导制曲工艺的改进提供了一定的理论基础。本研究分别利用LB培养基、YP培养基、MRS培养基和麦曲浸提液培养基、马铃薯培养基、察氏培养基对麦曲中的细菌、真菌进行了分离培养和鉴定。细菌的鉴定结果表明：机制曲中有芽孢杆菌属和葡萄球菌属的细菌；手工曲有芽孢杆菌属及少量泛菌属、肠球菌属的细菌；熟麦曲中有葡萄球菌属，还有少量泛菌属和芽孢杆菌属的细菌。真菌的鉴定结果表明：机制曲中有根霉属、横梗霉属、曲霉属、链格孢属、散囊菌属和毛霉属的真菌，手工曲中有根霉属、横梗霉属、毕赤酵母属和毛孢子菌属的真菌，熟麦曲分离鉴定出曲霉属、毕赤酵母属和毛孢子菌属的真菌。本研究还利用PCR-DGGE技术对这三种麦曲样品中的微生物进行了分析鉴定。细菌PCR-DGGE的分析结果表明，三种麦曲中均有糖多孢菌属、肠杆菌属等多个属种的细菌；而在手工曲中鉴定出了高温放线菌属的微生物，这与传统分离培养方法的结果是相互补充的。芽孢杆菌的PCR-DGGE分析表明：机制曲和手工曲中鉴定出枯草芽孢杆菌和地衣芽孢杆菌，这与传统分离培养方法的结果是相互支持的，但熟麦曲中未鉴定出芽孢杆菌属的细菌。真菌的PCR-DGGE分析结果表明，三种麦曲均有疏棉状嗜热丝孢菌；机制曲和手工曲均有横梗霉属、犁头霉属的真菌；机制曲和熟麦曲有西弗冠孢酵母和黑曲霉。此外，机制曲中还有米黑根毛霉、蜡叶散囊菌和微小根毛霉等，手工曲中还有镰孢菌属等属的真菌。其中，镰孢菌属的真菌和疏棉状嗜热丝孢菌是绍兴黄酒麦曲以前未曾报道过的微生物。