全国人大常务委员会于1988年通过的《关于惩治贪污罪贿赂罪的补充规定》对巨额财产来源不明罪做出了规定,1997年全面修订《刑法》时吸收了该规定。巨额财产来源不明罪侵犯的客体是国家工作人职务的廉洁性;客观方面表现为国家工作人员所占有的财产或支出同其合法收入相比,差距显著的,且犯罪嫌疑人无法证明该差额部分财产来源的正当性;犯罪主体是国家工作人员;主观方面属于推定故意。实际来说,该罪作为打击贪污贿赂犯罪的“兜底条款”而存在,且侦查难度大、证据标准要求高,过度依赖嫌疑人对巨额财产来源的说明。巨额财产来源不明罪司法认定中存在诸多争议,主要三个方面:其一,关于巨额财产来源不明罪是否属于有罪推定,长期存在肯定说与否定说之争。本文认为,有罪推定分为实体上的有罪推定和程序上的有罪推定,后者才属于真正的推定。巨额财产来源不明罪属于实体上的法律推定,但在司法证明上并不属于有罪推定。其二,关于巨额财产来源不明罪是否违反了证明责任规则,理论上历来存在肯定说与否定说两种学说。本文认为,犯罪嫌疑人对于财产的说明也需要检察机关依法查证,从程序上没有改变刑事诉讼中由控诉方承担证明责任的规则,因此并不违背刑事诉讼的举证原则。其三,关于能说清的财产来源的举证责任分配问题,也是学界的争论焦点。本人认为,应当由检察机关来说明财产的来源。以证明对象为基础,根据相应的证据举证证明被告人、犯罪嫌疑人成立某罪的证明体系,即是证明结构。巨额财产来源不明罪的证明结构由三个要素来构成:一是证明行为人具有国家工作人员身份;其二,证明犯罪嫌疑人所占有的财产同其合法收入相比,差距显著;其三,证明犯罪嫌疑人无法说明巨额财产来源的合法性。在审查巨额财产来源不明罪的定罪证据时,必须使关于行为人具有国家工作人员身份、犯罪嫌疑人所占有的财产同其合法收入相比差距显著以及嫌疑人无法说明巨额财产来源的合法性的证明达到“确实、充分”的标准。为了有效预防和查处巨额财产来源不明罪,建立健全相关配套制度十分必要。其一是建立国家机关工作人员的社会背景档案。通过建立国家机关工作人员社会背景档案,能够使司法机关有效掌握国家机关工作人员的各种社会关系,为调查行为人财产情况提供重要的信息资源,加大巨额财产来源不明罪的打击力度。二是健全国家机关工作人员财产申报制度,建议对科级干部甚至关键岗位的一般公职人员也要纳入财产申报的范围。三是建立全国统一的房产登记制度。目前,的科学技术水平以完全有能力建设全国统一的不动产登记系统,通过建立完善统一的不动产查询系统,进而促进巨额财产来源不明罪的查处。四是建立全国统一的个人存款查询制度。该制度能够对贪贿犯罪形成有效的金融监管,从金融监管层面预防巨额财产来源不明罪的发生。