侵犯商业秘密罪“重大损失”的认定是司法实践中一个棘手的难题。对于侵犯商业秘密罪而言,“重大损失”是侵权行为纳入刑法规制范围的关键切入点,是该罪定罪量刑的前提与基础。同时,“重大损失”能否合理认定还关乎商业秘密刑事立法保护的有效性和进一步完善,以及对法官自由裁量行为和司法权运行的有效限制。无可置疑,“重大损失”的认定举足轻重。而要明确侵犯商业秘密罪“重大损失”认定问题,首要需明晰“重大损失”限于物质性损失,计入“重大损失”中的商业信誉损害、破产损失、或者因竞争优势地位引起的损失等只能还原成物质性损失,不能还原成物质性损失的商业名誉损失不为其内涵所包容。而且,“重大损失”既涵括与侵权行为有直接关系的财产利益损失,也涵括可期待收益的丧失以及为调查侵权、挽救损害所支出的费用等间接经济损失。理论界目前对于“重大损失”的认定分歧颇多,仁者见仁,智者见智。在权利人损失计算说和侵权人获利推算说之外,多元标准适用次序说、侵权行为与认定标准相结合说近来愈发趋向主流趋势,提出的认定思路纷杂多样。这些学说观点其实均存在一定的可行性和合理性,但不可否认也都存在局限性和值得商榷之处。同时,立法上明确性和导向性的缺失也招致了司法实践中的诸多争议,各地司法机关实务操作中的认定标准迥然不同,或是以权利人实际损失为准、或是以侵权人非法获利为准、或是以商业秘密研发成本为准、又或是以其许可使用费和转让费为准。司法实践所采用的各种认定标准都不是普适公式,只是针对相应情形具有其相对合理性,甚至部分判决也引人诟病。谈及侵犯商业秘密罪“重大损失”的合理认定,首先须遵循因果关系理论、权利人权益保护考量优先、以及刑法谦抑主义这三大原则。并且,在该问题上,寄希望于某种单一认定标准已然不现实,开放的类型化思维才是处理困境的突破口。应以侵犯商业秘密具体行为的行为终端为根据进行案件类型化划分,并分别明确与之相对应的“重大损失”认定标准,使认定标准和案件事实之间形成有效对应。针对单纯非法获取型,若属技术性商业秘密的,应以许可使用费、转让费作为认定标准;若属经营性商业秘密的,则不宜作为犯罪论处。针对非法披露型,如果披露对象为不特定多数人甚至公众的,应以商业秘密的自身价值作为“重大损失”的认定标准;而如果披露的对象为特定第三人的,则应以行为人不正当所得或者许可使用费作为认定标准。而针对最后一类使用型,“重大损失”的认定应采“权利人实际经济损失——侵权人非法获利——商业秘密开发成本+许可使用费”这一有顺次的综合认定标准。