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目的：用插有中国美利奴绵羊（新疆军垦型）MHC ClassⅡb区genomic DNA的349I12 BAC克隆制备32P标记的放射性探针，进行噬菌体原位杂交筛选由中国美利奴绵羊（新疆军垦型）外周免疫器官组织构建的cDNA文库。旨在获得349I12 BAC克隆内MHC片段的基因组成与结构信息，为后续中国美利奴绵羊MHC区段基因图谱绘制、绵羊MHC区段内重要经济性状相关基因研究和绵羊疾病抗性及易感性相关基因研究奠定基础。
方法：首先，利用GENSCAN软件对349I12 BAC克隆内插入MHC片段进行基因预测。其次，利用GeneQuest程序对349I12 BAC克隆内插入片段进行电子模拟酶切电泳，筛选合适的限制性内切酶，用于实验中酶切349I12 BAC克隆质粒，制备32P标记的放射性探针。然后，将筛选出来的阳性单克隆送北京华大基因测序。最后，利用SeqMan和MegAlign程序对测序结果进行序列拼接和去重复，VecScreen软件去载体，SIM4软件将其定位到349I12 BAC克隆内的MHC片段上。
结果：1、GENSCAN软件预测结果显示349I12 BAC克隆插入片段中含有10个基因，其中断裂基因9个；不完整基因1个；单外显子基因2个。该结果可为后续实验提供一个基因数目和结构上的参考。
2、用限制性内切酶BsaJⅠ酶切349I12 BAC克隆内插入的中国美利奴绵羊MHC ClassⅡb区genomic DNA，然后用klenow酶对酶切片段进行末端32P标记制备放射性探针。经过多次噬菌体原位杂交筛选中国美利奴绵羊cDNA文库后，获得19个阳性单克隆。将筛选到的所有阳性单克隆送北京华大基因测序，测序结果经整理后，最终得到17条不同的cDNA序列。
3、利用SIM4软件进行cDNA和genomic DNA间的序列剪接比对分析，结果显示17条cDNA序列中有10条cDNA序列可以精确定位到349I12 BAC克隆内的中国美利奴绵羊MHC ClassⅡb区genomic DNA上。
结论：本实验通过噬菌体原位杂交筛选中国美利奴绵羊cDNA文库，最终获得17条不同的cDNA序列。这17条cDNA序列中有10条序列都能够很好地定位到349I12 BAC克隆内中国美利奴绵羊MHC ClassⅡb区genomic DNA上，说明噬菌体原位杂交筛选cDNA文库，是一种行之有效的、高效的表达序列分离方法。
本实验可为后续中国美利奴绵羊MHC区段基因图谱的绘制奠定基础；可为后期深入研究绵羊MHC基因与疾病抗性、易感性的关系，为绵羊疾病的预防、诊断和绵羊遗传抗病育种奠定基础。