寨卡病毒(ZIKV)属黄病毒属,是一种通过节肢动物传播的病毒(虫媒病毒)。目前,ZIKV可以分为两个主要谱系,包括非洲谱系、亚洲谱系。1947年,ZIKV首次在非洲的恒河猴中被发现,接下来的数十年间,ZIKV 一直属于“睡眠状态”,只引起散在传播,而且症状较轻,具有自限性。直至2015年,ZIKV在亚洲、非洲以外的巴西首次大面积爆发流行,并迅速向全球其他地区传播。此次爆发的特点包括患者人数激增、传播范围扩大、出现严重并发症(如GBS、新生儿小头畸形等),ZIKV感染严重威胁到人类健康。在2016年ZIKV疫情爆发成为了国际关注的突发公共卫生事件。根据流行毒株的系统发育分析得知,引起近年爆发流行的毒株均属亚洲谱系。本研究建立了基于E基因的非洲型寨卡病毒实时荧光定量PCR检测方法。通过针对ZIKV非洲型标准株MR766(AY632535.2)的E基因编码区设计出上下游引物及探针,开展了相关的特异性、重复性、敏感性的实验,利用本实验室保存的1-4型登革病毒株、HCV-1b RNA、亚洲型寨卡病毒Z16006株、乙脑病毒疫苗株、基孔肯雅病毒验证了本方法所设计引物的特异性;本研究的灵敏度测试结果表明,2.47×101 copies/μl与2.47×l00copies/μl的检测尚不够稳定,2.47×100 copies/μl检测结果阳性为概率事件,故不能作为绝对定量的依据。因此,本方法可应用于临床疑似标本的检测,能实现非洲型ZIKV的早期快速检测、鉴别诊断及标本中的病毒定量。ZIKV E蛋白通过与宿主细胞表面受体结合介导病毒进入宿主细胞,从而开始ZIKV的感染周期,是启动ZIKV进入宿主细胞的关键因素,而且参与了病毒复制周期的全过程。通过对两个谱系E蛋白氨基酸序列的位点进化方向进行分析,发现氨基酸位点的变化引起了非洲型ZIKV、亚洲型ZIKV E蛋白B细胞表位的改变,同时引起E蛋白结构改变。本研究从寨卡病毒E基因生物信息学分析入手,建立非洲型ZIKV的实时荧光定量PCR检测技术;并针对了ZIKV两个谱系的E蛋白进行了生物信息学分析,发现了非洲型ZIKV与亚洲型ZIKV在E蛋白氨基酸序列上的差异位点,并分析了这些统一差异位点与B细胞差异性表位、E蛋白结构之间的联系。本研究有助于实现非洲型寨卡病毒的实验室早期检测,并为进一步开展ZIKV血清学相关检测技术和疫苗的研究提供参考。