当前，大学跨学科组织已经走入高等教育研究者的理论视野。但是，理论研究与实践发展之间仍然存在着不小的距离。本文希望通过对大学跨学科组织产生、现状和未来发展前景的全面考察，来缩短这一距离，或者至少让人们清晰地意识到这一距离的存在。 第一章导言部分首先从科技发展趋势、创新型国家建设战略与大学学术组织变革、大学跨学科组织的实践创新三个方面概括了本篇论文的研究背景，并基于对背景的分析，提出了研究的问题；然后，通过概念界定和问题的切入，使研究对象具体化，为下文的研究确立了聚焦点和立足点；最后给出了本文研究的思路和方法。 第二章从发生学的视角，在知识发展逻辑和社会需求两个层面上分析了大学跨学科组织产生的内外原因；然后，以学科和系科为主线索探讨了大学跨学科组织的当代生存境遇。 第三章首先描述了跨学科组织存在的自然状态，即多样性与表面的含混性：其次，从矩阵结构的层面揭示了它的本质，即复杂系统矩阵结构中的横向组织，这一本质解释了跨学科组织的多样性和表面的含混性；最后，总结出跨学科组织的三种主要运行模式，进而消解了其多样性和表面的含混性。 第四章以E大学研究院为个案，从产生背景、职能定位、组织架构与管理体制、取得的成果与发展的愿景等方面描述了该大学研究院的“实然”存在状态。 第五章以E大学研究院的个案分析为基础，以高效率促进大学跨学科研究为判断标准，从跨学科的全面组织、大学研究院的内部治理和对外开放性等方面，展望了大学跨学科组织的发展前景。