【摘 要】
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Bacillus subtilis gt 1是一株来自海洋的革兰氏阳性菌,它含有抗菌肽基因可产生抗菌肽,和革兰氏阳性菌的模式菌Bacillus subtilis str.168关系很近。Bacillus subtilis的多个
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Bacillus subtilis gt 1是一株来自海洋的革兰氏阳性菌,它含有抗菌肽基因可产生抗菌肽,和革兰氏阳性菌的模式菌Bacillus subtilis str.168关系很近。Bacillus subtilis的多个种已经完成了测序,但据我们所知,还没有海洋细菌的全基因组测序的相关报道。我们利用40bp的短读序数据对来自印度洋的Bacillus subtilis gt1的全基因组进行拼接。用从头拼接和基于参考基因组拼接的方法,结合PCR实验测序的方法,最终获得了一条拼接的基因组序列。基因组大小为4,247,908bp,GC含量品均44.8%,基于这条序列,我们预测了4331个蛋白质编码基因,平均长度844bp,77个tRNA,30个rRNA(10个rRNA操纵子)。蛋白质编码基因中81.7%的基因与Bacillus subtilis str.168的同源,有444个基因在Bacillus属未找到同源基因,其中392个在现有公共数据库中仍未找到同源基因。在这些基因中,我们找到了产生抗菌肽的基因位点及基因簇,包括核糖体及非核糖体相关的抗菌肽的基因。Bacillus subtilis gt 1可作为海洋细菌研究的模式菌,为海洋细菌的基础研究及应用提供了基础。
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