全外测序(WES)技术在高级别浆液性卵巢癌HRR通路及有关耐药突变基因检测中的临床应用

来源 :河北医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:linzh
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目的:运用全外测序(WES)技术研究高级别浆液性卵巢癌患者中HRR通路及耐药基因的突变情况,指导临床治疗。方法:本研究共筛选15例高级别卵巢浆液性癌患者,组织标本均来自河北医科大学第四医院。首先从患者的新鲜手术组织中提取DNA,然后进行文库构建、文库质检、上机测序,最后对测序数据进行生物分析,对HRR通路相关基因进行筛选。结果:1.全基因组内碱基转换/颠换的比值是2.34,比对到参考基因组且方向正确的reads比例均达到98%以上,目标区域中碱基覆盖深度不低于10X的比例在98%及99%,说明SNP数据集符合准确性。2.本研究得到了15例HGSOC患者新鲜组织标本的WES测序数据,样本中体细胞SNV突变主要聚集C>A/G>T。3.15例HGSOC患者中各有10位患者发生了TP53、BRCA1/2突变,突变率均为66.7%,与DNA修复相关,其中TP53为高频突变。4.样本中发现了PI3K-AKT、WNT、VEGF、MAPK、TP53等信号通路的突变,涉及原癌基因的激活和抑癌基因的失活。5.14例HGSOC患者发生了HRR通路的突变,部分患者发生BER、MMR、NER通路突变。6.2例HGSOC患者存在BRCA2突变的耐药位点,可能对以铂为基础的化疗药物存在耐药。结论:1.TP53为高频突变基因,BRCA1/2是HRR通路中的主要突变基因,RAD50、RAD51、RAD54B、XRCC2等HRR通路相关基因突变频率较低,可能受样本数量少影响。2.基于HRR通路中相关突变基因,靶向药物可使高级别浆液性卵巢癌患者获益,如适用于BRCA突变的奥拉帕利。3.对高级别浆液性卵巢癌患者进行基因突变位点的耐药检测,有望准确指导后续临床治疗。4.PI3K-AKT、WNT、VEGF、MAPK、TP53信号通路的突变涉及细胞生长及生命活动的各个方面,影响疾病的发生发展。
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