农民合作社主要是通过规模经营、发展现代化农业,以达到发展农村经济、增强农民市场竞争力、提高农民收入的目的。农民合作社是“民办、民管、民收益”的组织,这一特点决定了其运行管理模式的特殊性。本文研究的新疆巴州地区作为中国西部发展中的一个重要农业地区,当地农村合作经济尚不发达,农民合作社在实际运行管理中仍存在一些问题。因此,有必要对巴州地区的农民合作社运行管理进行研究,解决目前运行管理中存在的问题,实现巴州地区农民合作社的长期、稳定发展。本文综合运用文献研究、问卷调查、实证分析等方法,针对巴州地区农民合作社运行管理进行研究。首先,介绍巴州地区基本概况,然后结合相关数据阐述巴州地区农民合作社发展概况运行管理情况,最后,从运行管理的多个方面阐述巴州地区农民合作社运行管理模式现状。其次,采用问卷调查的方法,识别出巴州地区农民合作社运行管理存在的问题,包括机构制度不完善,经营模式单一,利益分配不合理。导致这些问题产生的原因有三方面,一是受到巴州地区地域资源的限制,二是当地农民思想意识落后,三是当地人才素质有待提高。然后,提出巴州地区农民合作社运行管理模式优化对策,在明确优化思路和目标的基础上,制定具体的优化对策,包括完善机构设置和健全管理制度,实行多元化的经营模式,创新利益分配方式益,双管齐下加强监督。最后,从政策、人员、信息、资金四个方面提出保障措施。一是提供政策支持,二是提高人才素质,三是利用信息技术,四是拓展资金来源。